由於有許多天然水域（海洋及淡水）已遭到棲地破壞、污染或過度捕撈，造成漁獲量大幅下降，以水產養殖的方式，將水產生物（魚、蝦、貝）的幼苗或是種魚放流至特定區域的漁業資源管理模式（資源放流 、栽培漁業），咸認是回復資源和增產的關鍵手段，是一項有效的漁業管理模式。

自1980年起，台灣也開始推動種苗和種魚人工放流後，政府每年均編列巨額經費進行此項工作，但完全未考慮遺傳因子。台灣各地方漁政公營單位或民間放流團體多不生產種苗和種魚，台灣在進行水產生物人工放流時，往往是由數個私人養殖場競標，由得標者提供漁政公營單位放流所需的物種與數量。在種魚來源及遺傳資訊不明，魚苗難以分辨（魚苗辨識不易、放流魚苗是否是當地缺少的物種或是隱蔽物種），品質不清的情況下，以及缺乏族群遺傳及生物多樣性的概念下，往往發生將台灣本島南部的水產生物放流至台灣本島北部或離島，淡水物種放流至海水的乖離現象和烏龍事件。因此人工放流對天然生態的影響（甚至造成反效果）實在堪慮。

愈來愈多的研究顯示，無意識的水產養殖作業方式及不當的人工放流水產養殖生產的產品至大自然，反而會造成污染天然族群之遺傳基因、混雜品系、無意間引進入侵種及病源菌等副作用和反效果，嚴重破壞及攪亂當地原本物種的遺傳結構，造成族群弱化，生態失衡，加速自然資源的枯竭。即使使用當地養殖場所繁殖的魚隻進行人工放流，仍會對野外族群的遺傳結構帶來莫大的衝擊（種內雜交 、擾亂或稀釋基因庫、傳染疫病等）。因此，在未進行遺傳評估的盲目放流，往往弄巧成拙。

由於近年來分子標記的長足進展，研究水產生物的遺傳因子及其在生態與演化上扮演的角色變得可行。隨著水產養殖及漁業活動對野生族群造成的影響開始受重視，以分子標記調查野生族群之遺傳結構、評估放流水產生物對復育之成效是目前國際之主流。目前歐美及日本等漁業先進國家，均有專職機構進行放流前的種魚管理、魚苗遺傳組成分析等工作，不但可檢定外部標記的可靠性，更可評估子代遺傳基因組成及再生產率等，以外部標記無法評估的研究。因此在資源放流方案實施前，瞭解放流當地物種多樣性及遺傳結構，考量種魚管理及魚苗遺傳組成對當地天然野生族群的衝擊，已是21世紀的趨勢。

鑑於遺傳多樣性在漁業資源管理上的重要性，台灣應該馬上以分子標記調查放流對天然野生族群遺傳結構的衝擊。避免如過去在缺乏族群遺傳資訊的莽然推動下，反而有可能造成天然野生族群資源量下降的不當後果。

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