經濟部水利署為提供雲林地區「質優量穩」之地表水源而興建中的湖山水庫工程，雖於2001年通過環評，但因年久環境條件改變，而面臨計畫不適用的命運。24日以長隧道替代原引水路之「環境差異分析」審查，已通過環差專案小組審查。這項工程經費預算至此已增加至204.75億元。
湖山水庫乃水利署於斗六丘陵西麓闢建之離槽式水庫，擬由清水溪引入豐水期剩餘的水蓄存，以提供枯水期用水。
網站資料顯示，完工後，與集集共同引水工程聯合運用（即豐水期藉集集堰引用濁水溪水源，枯水期再利用湖山水庫之蓄水），每日可供水約69.4萬噸，除了供應雲林地區優良水質，並「可作為民生用水之替代水源以減抽地下水，緩和地層下陷及提升民生用水品質外，剩餘水量亦可提供區域發展用水，提高產業投資意願。」原預計實施期程共計7年，後經行政院同意修正至2114年。
這幾年，中區水資源局不斷以細部修改計畫的環境影響差異分析報告送環評審查，此次乃變更引水路，由原計畫沿清水溪左岸布設9600公尺變更為4160的長隧道工程；而變更前後引水路起點皆為桶頭攔河堰沉砂池。
中水局簡報中指出，此案「乃配合工程技術及環境條件改變」，因歷經數年颱洪暴雨，清水溪現況環境已不利於原評估書所列之引水路線。中水局以變更後引水路線可還地於河，大幅減少河川環境衝擊範圍為由進行環差。
第3次環差專案小組審查，委員對於中水局所補充的資料皆表示肯定，席間雖也提出資料中未提及斷層位置、八色鳥調查月份錯誤，但同意修正即可。
林鎮洋委員提醒中水局地質法已通過，要求開發單位應以地質法重新檢視工程內容、並要求說明是否符合公共工程委員會所宣示的永續工程，並表示綠色內涵未達十分之一，經費卻增加50%是否合理。
此外，逕流廢水污染之表現仍以環保署未修法之前的數據為依據，特別在暴雨沖刷下是否能達到承諾，林鎮洋亦要求改善。土砂監測製作晴天亦表示不夠，應增加雨天的監測數字。
湖山水庫工程應重啟整體差異分析
多年前積極反對湖山水庫興建，並曾著作《誰把河川擰乾了》一書的地球公民協會執行長李根政表示，湖山水庫工程計畫當時環評草率通過，並急就章動工，導致之後不斷修改計畫，不斷以環差形式再送環評會審查，是「先上車後補票」的作為，不符合國家資源效益。
李根政質疑工程會步入曾文水庫越域引水造成河床墊高30-40公尺、無法清淤供水的後塵，認為應重新啟動環境差異分析，進行整體現況評估；其次，環保署應善盡督察責任，調查環評後是否符合承諾。