植物學家陸陸續續提出各種推論，但並沒有令人一致信服的結論。直到1998年中國科學院南京地質古生物研究所孫革博士等人，在中國遼寧省發現名為遼寧古果（Archaeofructus liaoningensis）的化石（圖2），年代為侏羅紀末期，此化石經鑑定具有心皮構造，並在果軸上呈螺旋狀排列；這種已滅絕的植物與現生種類有很大的差異，是目前已知最古老的開花植物化石。化石雖保存了完整的果實，但是其他重要花的特徵，例如雄蕊、花粉及完整花的構造並未被保留下來，只能以果實的特徵來命名，定為古果屬（Archaeofructus），所以還無法正確重塑該植物的原貌。這植物化石的出土，說明了開花植物早在侏羅紀時就已經出現與恐龍共舞，而且提供了部分原始開花植物的重要特徵。
另外，運用分子分類的方法，在1999年植物學家們綜合分析葉綠體、粒線體及細胞核基因DNA，得到令人驚訝的結果：他們推論生長於南太平洋的新喀里多尼亞（New Caledonia）島上，Amborella這一屬的灌木才是現生最原始的開花植物（圖3）；另外，睡蓮目被推論是第二原始的開花植物（圖4）；而木蘭目的植物在此分析中，反而失去了傳統上古老的光環。Amborella以往一直被忽略，是因沒被取樣分析，這樣的結果，也正突顯出科學在取樣上不周全的盲點，但終究還是得到了平反，重新被認定其重要的地位。
科學推論的過程是不斷演進的，當線索愈多，科學家重塑開花植物的演化史也就愈趨於完備、愈接近真理。在探討最原始的開花植物的歷程，科學家以不同的分析方法及新挖掘到的證據所提供的線索，漸漸地給這神秘描繪出較為清晰的輪廓，但真正的答案仍未出爐，還有待植物學家及古植物學家繼續地耕耘。
【文章連載】■最古意的花 (上) (下)
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