農委會漁業署為保育沿近海飛魚生態，將全面禁捕飛魚卵，而禁捕令卻不及於中國漁船，引起漁民強烈反彈。飛魚卵是基隆重要的經濟漁貨，大部份外銷日本。

漁業署官員解釋全面禁捕飛魚卵的前2年，將分別展開勸導、預告步驟，97年執行禁捕令時，將採漸進式擴大禁捕區域，先從12海里再擴展到24海里，再拓展到台灣200海里經濟水域，屆時也會嚴禁中國漁船和他國漁船在台灣經濟海域採捕飛魚卵。