因為司法權、法律解釋、監測標準、執行過程或紛爭處理程序尚未統一，所形成的即程序未定的衝突。面臨此類衝突，調停過程往往需要退出原來衝突的主體，往前處理程序上的問題。但立法或建立行事規範往往曠日費時，因此也常讓人感到無力的。
和平港開發的環評報告書審查中，評審委員提出疑惑或建議；但開發單位利用程序上的優勢，解釋這些項目包含在劃規和平水泥工業區、或和平溪治理計劃的範圍中，早已通過審核，故不予回應。因和平港的開發只是和平工業區的一個附加計劃，從工業區位的劃定起涉及時程長，不同階段邀聘不同學者擔任環評委員，而學者間對影響範圍、程度往往有不相異的看法。對於審核結果已然通過，後階段聘任的審查委員只能以提出意見、並要求要開發單位將其意見條列。
在和平港開發行為中，引起最大爭議的部份，即對海洋生態或漁業的影響程度。關於這個部份，團體間各說各話而引發衝突。最大的原因在於：現行法令中，限制開發的細項規定並不明確。我們知道諸如流速、氣溫等物化環境因子，可利用調查的實測值進行審核、檢定、或監督，但生化環境不比物化環境。生化環境的各個因子並不具有統一性，如不同種類的魚能忍受的水濁度並不同。這個生物學的限制，不僅造成環境影響調查時取樣點爭議性，同時監測標準的公正性也受到質疑。然而，假設法令建立起明確的審查監測標準，法令標準的普及性、適用性在面臨生物因子的不確定性考驗時，恐怕很難不引起另一類程序衝突。
和平港開發案例中，港公司直接違反程序挺而走險，不顧法律約制、公然與公權力對抗，是最嚴重的程序衝突。所有維持底控制力高度開發社會能有序而正常運作的最，就是一個群體的法律。當社會中的分子開始挑戰法律、無視「法」超然的制約或評判時，亂相就會產生。雖然事後開發單位接受懲罰、並完成已承諾事件，衝突雖然平息，但其我們不得不思考這個衝突事件所隱藏的社會問題。諸如公權力不張使犯罪率持續提高、為開發單位創下違法惡例(事實上台泥在興建和平火力發電廠也同樣使用了偷跑手法)等；還有誤導社會價值觀的轉型，諸如認為錢是萬能、以「犯錯了只要道歉就好」取代事前應考量對錯與否的負責態度等，都將在未來累積成更大的問題、政府的困境，其消耗的社會成本是難以等量算計的。所以政府對此類事件的處理，實應更加小心謹慎、投注更大量關注。
衝突實例：
- 和平港環評報告審查中，評審委員認為和平港之開發計劃將改變和平溪河口之水文輸沙型態，開發單位應將河口輸沙型態列為「環境影響預測」之主要項目。開發單位則以開發區位於「和平溪治理規劃」的範圍內，不致改變和平溪口之水文及輸砂型態，故可不列入和平港開發計劃之重大環境影響因子。
- 開發單位未經漁政機關核准、並且與當地漁民協調補償事項未能完成，即先行違規施工，違反環境影響評估法規定「未切實執行環影響說明書、評估書所載內容及審查結論」，除引起漁民及環保團體抗爭活動外，也因而遭工業局勒令停工。
- 和平港養灘及海拋計劃審查中，評審委員建議，仿照美國沿岸補償制度，提撥Migitafion Fund，並明定海拋養灘對漁業生態影響之監測及評估辦法。開發單位說明和平建港計劃之環境影響評估已完成，本階段只就海拋作業之監測計畫答覆改進。
- 在和平港養灘及海拋計劃審查中，評審委員建議，應以專責機構報行海拋許可、負責記錄海拋作業詳情、海域之環境監測工作，並編列經費，建立觀察員制度，由漁會派員上船觀察。開發單位答覆將建議主管機關納入參考。
