從1月12日阿瑪斯號貨輪於墾丁附近觸礁之後，一開始以船難事件處理。但在觸礁兩天後，貨輪的燃油及重機油開始外漏，氣候不良再加上農曆年節休假氣氛的關係，並沒有受到政府單位太大的關注。事件發生之後，僅要求船公司儘速清理油污，但在缺乏相關的支援及協助之下，喪失了在海面上處理的最佳機會。雖然，船公司在過年期間高薪聘僱墾丁居民，於油污最嚴重的龍坑生態保護區，進行人工撈油的清除作業。但是，由於清除的速度過慢，加上媒體的炒作，在經過將近20多天後，油污事件成為全國民眾關注的焦點，龍坑也成為各方民意代表或政黨作秀的最佳表演場所。
連日來，從政府、學者、保育團體及民眾，都分別針對此次事件進行討論。船公司也遠從英國聘請專門處理漏油公司Oil spill response limited的專家Dave Oland來台。記者在2月10日龍坑生態保護區訪問Dave，他表示來台將近三個星期，但是除了前幾天由於事件被外界所報導，環保署、墾丁國家公園管理處…等各單位相繼召開會議，才有機會與相關人員接觸。由於龍坑生態保護區與軍方的雷達站相隔不遠，所以無法申請直昇機，從空中進行大範圍的調查及了解，也無法取得有效的地圖、氣象等資料。缺乏溝通管道及討論的機會，再加上龍坑為礁岩地形，地形特殊，可謂令專家都傻了眼。現場油污的清除作業，也一直遲至2月11日才正式有官方及軍方人員派駐成立指揮中心。
2月11日於嘉義布袋召開的2001西海岸永續發展研討會上，中山海洋環境及工程系教授楊磊教授及中央研究院動物研究所陳章波都分別針對此一事件發表看法。綜合而言，對於漏油事件的處理，大致上都有個共同的看法。
當船難發生時，除了優先搶救人員，並應緊急抽取船上的燃油、重機油。如果為載運油品的油輪，清運船上儲油就更為緊急而重要。一旦船隻損毀，開始漏油時，以減少漏油擴大及散佈為前提，於海面上以攔油索截堵，輔以抽油幫浦、化油藥劑、生化藥劑，儘可能於海面上清除油污，甚至必要時以火燒的方式來清除。由於船隻的燃油多為柴油，由於揮發性極高，通常會於數天內即蒸發。而重機油或原油，則可能受光照及海水鹽份的作用，而於一兩週內開始凝結沈澱。再加上海流或風浪的作用，在海面上清除浮油的作業，往往受限於各種條件而無法完全清除。當油污漂到沿岸時，在清除上將變成極為困難，而且對於沿岸豐富的生物而言，不論是魚、貝、蝦或藻類，或是水鳥、海豹…等動物，可謂是一大浩劫。
當砂灘遭受油污時，除了繼續撈取表面浮油外，也可使用化油劑或生化製劑來進行清除，也可直接刮取遭受油污的表層沙灘、鋪上新砂或將是油與砂混合攪拌，來加速油污自然分解。由於砂岸地形的生物相較為單純，清理也較為容易。
由於礁岩地形十分崎嶇不平，一旦遭受油污，將十分難以清除，再加上生物種類極為豐富，所造成的災害將難以估計。墾丁龍坑生態保護區的地形即屬於珊瑚礁所形成的礁岩地形，再加上接近海岸突出之岬角處，受到季風及海浪侵蝕的力量更大，比起一般的岩岸地形，更為複雜而崎嶇。在強勁的東北季風吹襲下，連要站到礁岩上都相當困難。記者於現場實地勘察，發現當地東北季風十分強勁，在此地覓食的水鳥數量極少，也沒有發現受到油污侵害的鳥類。但是，由海浪將礁岩侵蝕出一道道的潮溝，地形極為複雜，讓整個清除的工作更加困難。
陳章波及楊磊教授都指出，此次油污事件，除了主管機關應變速度過於遲緩，喪失了在海上處理油污的機會外。目前，所能做的已十分有限。海面浮油除了燃油已揮發完，重機油都漂到龍坑一帶的礁石上。以化油劑來消除礁岩上的重機油，是一個富有爭議的做法。大家可以回想過年大掃除時，最難清理的廚房油垢，而化油劑就跟那些泡沫噴劑的原理及成份類似。一方面由於化油劑本身的毒性，二方面所清除的油垢可能再次凝結、漂浮。因此，現在已儘量減少使用化油劑來除油。
楊磊教授進一步指出，使用生化藥劑雖是一個好方法。但是，分解油污的細菌要能有適當的環境及時間來繁殖及作用。在潮間帶海浪拍擊的作用下，噴上去的藥劑可能一下子又被沖刷殆盡，並不適合龍坑一帶。在與英藉除油專家討論之後，對此也有都有一致的看法。至於是否進一步使用高壓水柱來清洗黏著於礁岩上的油污，也有不同的意見。雖然被重油所覆蓋的地方，上面的生物已經死亡，使用水柱清洗，除了對岩石會有破壞外，並不會造成再次的傷害。但是，將油污沖刷到海裡，還必需配合使用抽水幫浦抽取受污染的海水，也會造成油污擴散的結果。兩相比較之下，也不見得是恰當的方法。
墾丁龍坑位於南台灣，日照、季風及海浪作用都十分強烈，自然洗淨及分解的能力比起寒溫帶的環境來得快速。陳、楊兩位教授不約而同的建議，在以人力撈取浮油告一段落之後，不妨就交給大自然的力量來運作，也許反而比起進一步使用高壓水柱或其他方法，對環境的傷害來得更小。楊磊教授也指出兩年前，中山大學的堤防遭受船隻油污，根據調查，大約在經過兩年的時間，油污就差不多自然清除乾淨。陳章波教授也提到，龍坑生態保護區原本就屬於管制地帶，平時的遊客就很少。大量的人力踩踏，對龍坑的珊瑚礁岩地形反而造成破壞，而且清理油污時，免不了將油污帶上離岸更遠的地方，沾染的範圍更大。重機油雖然黑黑的很不好看，但是從某個角度來看，也是富含有機質的養份。過去，在北海岸也曾發生過一次嚴重的漏油事件，也有學者發現在油污沈澱的地方，藻類比以前更為茂盛。當然，這並不表示油污對環境是有助益的，而是當人力的清除到達某個程度時，不妨交給自然的力量來協助，可能效果會更好。陳教授並指出，不妨將這次的油污事件當成一個負面的生態教育，在這兩三年的時間，詳加紀錄，並提供給各學校作為環境教育之用，也時時提醒主管機關及國人，要重視海洋環境。
此外，許多學者都提到歷年來，台灣的海岸其實不斷的遭受船隻漏油的侵害，但一直未受到各界的重視，這也是這次主管單位反應遲頓的原因之一。雖然學者及民間數年來，不斷呼籲政府制定相關法令，也要求民眾要重視船隻污染的問題，但都未獲得回嚮。而數年前送進立法院的海洋法也遲遲未受到立法委員的重視，幾位對此事件關注的委員，是否也能共同協助相關法令的推動，也許是一件更重要的工作。
