有民眾反應新竹香山牡蠣銅含量偏高，是長年承受新竹地區的工業廢水所影響。對此，新竹香山地區工業廢水非僅有科學園區一處排放源，尚有香山工業區及其它多處大小工廠廢水排入，依據台大海洋所林曉武教授調查新竹香山牡蠣含銅量結果顯示，91至93年三年間牡蠣含銅量增加近2.5倍，而新竹科學園區區91至93間放流水中銅濃度(0.017至0.022ppm之間)不到國家放流標準(3ppm)的1%，排放水質、水量穩定，沒有顯著變化情形。
科學園區管理局提出澄清強調，所有廠商需依「科學工業園區污水處理及污水下水道使用管理辦法」排放廢水，不致造成牡蠣含銅量激增現象。
