因應新時代的環保業務挑戰，環保署認為，現有署內組織分工已有其侷限，將於今年度規劃組織改造。

環保署是在昨（11）日下午召開2006年終記者會時宣布上述計畫。環保署表示，現有環保署組織分工已難以進行整體性經營，與其他部會關係亦須重新調整，署內組織架構，亟待重新檢討與整合。未來，環保署將先徵詢專家學者意見，成立組織改造委員會，再進行組織調整規劃，以台灣環境永續發展為前提，針對目前業務無法釐清或妥善分工部分重新檢討，研擬妥適組織架構與藍圖。

環保署並同時發表2007年「邁向永續台灣環保行動計畫」，訂定23項重點工作計畫，條目如下：

1. 強化環境影響評估機制計畫
2. 終生性環境教育計畫
3. 環境與交通運輸管理推動計畫
4. 大氣層保護計畫
5. 室內空氣品質管理行動計畫
6. 高高屏空氣品質改善計畫
7. 河川水質維護改善行動計畫
8. 工業廢水搭排灌渠改善計畫
9. 一般廢棄物源頭管理及全分類零廢棄計畫
10. 事業廢棄物管理及零廢棄行動計畫
11. 廢棄物清理法與資源回收再利用法兩法合一行動計畫
12. 產品延長生產者責任及環境化設計推動計畫
13. 清淨家園全民運動計畫
14. 強化毒化物安全管理及災害應變計畫
15. 推展環保標章及綠色消費、綠色採購計畫
16. 環境品質監測及環境資訊發展計畫
17. 區域垃圾合作處理計畫
18. 廢家具、廢家電及廚餘回收再利用計畫
19. 國際環保合作行動計畫
20. 土壤及地下水污染復育行動計畫
21. 提昇資源回收效率及制度改進計畫
22. 環保專業訓練行動計畫
23. 環境污染鑑識及調查推動計畫