三鶯地區絕大部分的生活污水，長年以來排放到大漢溪，造成嚴重污染，市府去年興建「三鶯水資源回收中心」，盼改善當地水域環境，但竟以省錢為由，捨棄設置「操作層」，引起營建署警告、議員批評將蓋出全台第1座沒有操作層的污水廠，未來恐須付出更高額的維護成本。
三鶯水資中心興建費用約12億，其中80%是中央出資、20%由市府負擔，為了不被附近居民視為鄰避設施，採廠房地下化、地表公園化設計，營建署於該案細部計畫審議時便警告，取消操作層並採地下化，將嚴重影響該中心操作性及維護性，也不利於開關閘門、控制風量、壓力檢查等。
市長朱立倫曾在備詢時坦言，設置操作層要多花6億6000萬元，考量預算問題才捨棄施作。市府並回覆營建署，會以加派操作及維護人力的方式進行改善。
中央大學環工所榮譽教授歐陽嶠暉指出，迪化、內湖污水處理廠也採地下化設計，但都有設置整層樓的操作層，從進水到出水透過完整設備控制，對於用水的安全及管理較為方便。
但水利局副局長諶錫輝認為，沒有操作層的影響不大，「差別只在於檢修是開放式的，民眾看得到員工作業、機具進出。」
林銘仁則質疑，污水下水道系統建置速度牛步，工程流標多次，鶯歌區接管率至今（2016年11月）竟然是0，水資中心2017年4月第1期完工，號稱每日可處理28000噸污水，但要到6月才有一小部分污水管線與水資中心連接，實際污水處理量僅200噸，效益低落。
諶錫輝對此表示，三鶯水資中心要先蓋好，再陸續增加家戶接管率，不可能一次到位，預計2018年底便可處理每日約4000噸污水。
另外，議員蘇有仁也質疑，水資中心蓋在鶯歌，但三峽地勢低、鶯歌地勢高，市府要增設加壓站，硬讓「水往上流」，不僅違反自然，也恐造成加壓機容易損壞、增加維護成本。
諶錫輝對此澄清，在大漢溪底下埋管不影響水流，污水管線是設置在地底下，不受地表上的地勢高低影響。
