台灣的澎湖、金門、連江縣等離島地區，天然地理環境特殊，農業委員會為促進當地農業發展，2007年將運用行政院離島建設基金經費新台幣1.5億，首次大規模加強生態保育，除讓農業永續經營，也希望發展觀光產業。
過去政府在離島的建設多以硬體為主，2007年首次加強環境生態保育，希望當地成為觀光景點後，減少人為的破壞。農委會企劃處科長鄒瑞珍說： 「離島建設基金過去投資一直在硬體建設，或者是軟體建設的話，並不是長久之計，經建會修改要點，強調國家永續，所以把這個補助方針導向生態方面，避免在離島增加太多硬體建設，放在生態。」
農委會列出各項離島生態的保育計劃，包括金門鱟魚的觀測、澎湖珊瑚礁的生態復育、以及馬祖露脊鼠海豚的研究、以及蘭嶼的海鄉計畫等。