剛被選為台灣國鳥的台灣藍鵲，牠的生存環境和數量都受到中國藍鵲的威脅，為了保育台灣國鳥，農委會已鎖定5隻中國藍鵲，其中兩隻已經被「軟禁」。

威脅台灣生態的外來種包括早期的福壽螺、緬甸小鼠、紅火蟻等，名列10大外來種惡劣排行榜前3名。原產於南美洲的福壽螺是雜食性的螺類，每年超過10萬公頃的農田都慘遭危害，農民無不恨牠入骨。

其他有害的外來種還包括會啃食松科植物的松材線蟲、會吃梨樹的中國梨木蝨，以及造成蘇鐵枯死的的致命傷蘇鐵白輪盾介殼蟲，還有會多線南蜥也讓台灣本土蜥蜴面臨滅種危機；外來種來勢洶洶，為了保護台灣原生物種和生態，農委會和相關單位展開行動，以保護台灣原生種生物。