不滿湖水水庫沒有依照環評專案小組停工決議，開發單位不但沒有提出環境影響差異分析外，環保署甚至還任由開發單位持續違法施工。環保團體24日上午公開遞交一封「公民訴訟告知函」，要求環保署必須在60天內回應，否則揚言將提告。對此，環保署表示，大會或專案小組做成決議只是參考而已，並不能成為行政單位最後決定。
台灣環境保護聯盟秘書長何宗勳指出，環評專案小組過去曾做出停止湖山水庫興建決議，但開發單位卻違法動工，加上湖山水庫開發已經超過3年，依法必須提出環境現況差異分析及對策檢討報告並送交審查，環保署在未完成審查前，依法不得實施開發行為，但環保署卻任由開發單位持續違法施工，明顯罔顧環境保護之責。由於湖山水庫是八色鳥主要繁殖地之一，湖山水庫預定地早已被國際鳥結盟列入重要鳥區，一旦開發單位不當施工，恐怕會對當地環境生態造成嚴重衝擊。