台北文化體育園區(小巨蛋)原於92年完成環境評估，但因遠雄集團提出的設計案與原先計畫不同，開發範圍及內容變更，環保局要求必須重作環境影響評估。95年10月2日馬英九市府團隊卸任後，市府匆匆和遠雄集團簽屬BOT開發案，並在環境影響評估未完成時，於96年2月將預定開發地點之老樹悄悄搬移，引發當地民眾質疑遠雄將逃避環境影響評估限制，直接進行開發。附近居民因此組成松菸公園催生聯盟，主張遠雄集團立即停止小巨蛋BOT開發範圍之樹木移除工程，要求遠雄集團及市政府必須完成環境影響評估程序，確實聽取居民意見，並以促成松菸公園，森林運動公園之建設為最終遠景。

當地居民反對遠雄在松山菸廠周圍興建大巨蛋，認為遠雄集團之開發方針將興建大型體育及表演場地，對當地的國小兒童上下學安全問題、附近交通造成負面影響；又當地向來缺乏一個公共綠地空間，大巨蛋的開發僅為商業大樓或高消費之購物商場，使居民認為遠雄集團只為經濟考量，不願與當地居民溝通協調。多次公聽會中，遠雄集團說明開發案帶來之經濟利益及台北新地標之口號，不就居民之要求作具體回應及改善。

巨蛋開發爭議也引發當地居民爭取環境影響評估之合理性。95年5月23日上午遠雄集團於聯合報大樓地下室召開環評說明會，綠黨秘書長潘翰聲同當地里長及居民在說明會開始前於場外抗議，再次聲明「我們要體育園區，不要商業特區」。於說明會場中，民眾制止遠雄集團說明開發案內容，認為里長於該次說明會兩天前才收到會議通知，不符合會議有效性，要求遠雄集團重新以公文通知民眾，並將說明會時間訂於下班時間或假日。另外，光復國小家長會代表提出遠雄集團未將光復國小意見納入環評，且從未通知光復國小參加環評說明會。當場居民大喊「荒唐會議，拒絕背書」之口號，並撤銷會議簽到，退席抗議，場面火爆。次日市府認為該次說明會仍為有效，引發環評說明會之程序問題。

6月13日光復國小家長委員會函告北市環保局，認為光復國小於小巨蛋發開發地旁，影響學童安全，卻從未收到環評說明會通知，以違反環評法，希望市府積極處理，否則將在60天後提起公民訴訟，將為環評史上第一例。