「三峽工程絕對不是『生態災害』，用三峽水利發電是清潔能源，反而有利於環境保護。」10日，在河海大學舉行的重大水利水電科技前沿院士論壇上，針對國外媒體質疑三峽工程是「生態災害」的說法，中國工程院院士陸佑楣指出，這絕對是種錯誤的認識。事實上，我們非常重視三峽工程對生態環境的影響，對一些可能出現的生態問題也正在積極採取措施避免。

陸佑楣說，三峽每年可以發電847億度，這相當於燃燒5000萬噸煤炭發電的電量，而如果這麼多煤炭從開採到運輸再到燃燒，產生的污染十分巨大。所以，三峽每年實際上可以減少1.2億噸二氧化碳的排放。從這個意義上說，三峽不僅不是「生態災害」，而且有利於保護生態環境。另外，有人認為三峽水庫會排出大量CH4(一種水底有機物質腐爛後產生的沼氣)，對長江水質會產生污染。殊不知，三峽庫底根本沒那麼多有機物，都是些光禿禿的岩石。目前三峽水庫水質相當好，是二級水庫。只有氣候變暖的某段時間，偶爾會出現藍藻、綠藻。「我們平時在運行管理中注意避免水質富營養化從而產生沼氣，同時建了很多汙水處理廠，不達標的水不得向長江排放，」陸佑楣說。

三峽工程中，對長江中一些珍貴魚類的保護一直是個難題。以中華鱘為例，大壩的建成擋住了它們洄游的路線，使它們無法產卵繁衍。陸佑楣也表示，大家已經想出了多種辦法來保護這種珍稀的魚種。比方說，在宜昌已經建成了人工繁殖場，每年捕撈一些中華鱘進行人工繁殖，並且孵化出來成為魚苗。每年起碼有幾百萬尾魚苗被放入長江，即便是萬分之一的存活率，中華鱘也應該不會消亡。