新疆青格達湖濕地內植被主要以紅柳、蘆葦、胡楊為主，保護區是全開放式管理，但圍墾、放牧、盜獵、甚至縱火等事件連年發生，濕地植被嚴重被毀。據統計，從2002年至今，濕地每年都要發生5至8起火災，平均每年有200多畝植被被大火吞噬。

青格達湖濕地被譽為「烏魯木齊之腎」，對調節烏魯木齊市、昌吉市、五家渠市的氣候及保護生物多樣性有著重要作用。青格達湖濕地還為鳥類提供了舒適的棲息地和充裕的食物，是國際性遷徙鳥類的重要驛站。過去，每年春秋季節，保護區內鳥類能達到5,6萬隻，經常出現鳴聲鼎沸、鳥群遮天蔽日的壯觀景象。而如今,濕地慘遭破壞,許多珍稀鳥類已逐漸消失。

青格達湖濕地自然保護區提供的資料顯示，總面積達36平方公里的青格達湖濕地，10多年來，已經銳減了12000多畝。