每年湧入數10萬的觀光人潮的綠島，每日最高排放廢水量有1500多公噸，而綠島至今連一個污水處裡設施也沒有，部分學者專家擔心會影響綠島珊瑚礁感染「黑病」。

負責綠島珊瑚總體檢的中央研究院生物多樣性研究中心研究員陳昭倫表示，綠島珊瑚黑病是否和排放廢水有關，還需進一步調查，不過，可以確定人口密稠處感病的情況最嚴重。他建議綠島應該迅速設置簡易廢水處理設施。

觀光局東部海岸國家風景區綠島管理站表示，設置大型污水處理廠，面臨土地徵收等問題，緩不濟急，建議由綠島監獄、學校等單位，自行先設置雨水、污水處理設備，再進一步處裡一般家庭廢水。

台東縣環保局表示，綠島大型廢水處置廠該如何規劃，還要進一步評估。目前綠島單日最高排放的廢水是1500噸，離島建設條例經費規劃，在綠島3個村落設置生態型廢水處置設施，將淨化後的水排入海裡；不過也有意見，希望將全島的廢水全回收再利用。