位於綠島南寮漁港外海的「大香菇」，是全世界最大的微孔珊瑚，根據學者調查發現，大香菇面臨退化、白化威脅，台東縣政府農業處提出保護計畫，希望保護這株已有1200年歷史的珍貴珊瑚。

農業處漁業科指出，大香菇高達12公尺、圓周31公尺，對於綠島生態及觀光產業相當重要，不過中研院生物多樣性研究中心副研究員陳昭倫5月底到綠島「珊瑚總體檢」，發現大香菇因2度遭觀光潛艇撞擊，造成2個大凹洞，約占整株的4分之1，且被「黑海綿」覆蓋。

漁業科強調，綠島沒有廢污水排放系統，再加上1年約35萬人次觀光客，生活廢水大量排入沿海海域，解決水質惡化的治本之道就是興建污水處理設施。

而在污水系統無法建置前，漁業科提出「綠島大香菇珊瑚礁保護計畫」，將向離島建設基金爭取經費，除於大香菇周邊海域進行水下違規採捕查緝，並計畫每個月動員10人次，清除大香菇周邊半徑50公尺內的海底異物、大香菇本體覆蓋生物。