江蘇省自2008年1月起，在太湖流域首創的環境資源區域補償辦法，經過一段時期的數據採集後，日前開始進入實際賠付階段。通過江蘇省水文局監測，南京、常州、無錫3個試點城市之間的交界斷面有所超標，須對下游城市予以補償。其中，南京補償常州1.8萬元，常州補償無錫18萬元，補償資金直接上繳省級財政。

該措施規定將在江蘇省選擇跨行政區域的主要入太湖河流開展試點，如果交界斷面水質超標，上游地區政府將按3種主要污染物超標濃度，每噸支付給下游地區1.5萬元至10萬元不等的環境資源補償資金。在流域的上下游城市之間，形成「誰污染、誰付費補償」的生態補償機制。

但呼聲很高的跨省流域生態補償辦法，由於涉及長三角各省市複雜格局，至今難以浮出水面。有專家呼籲可建立鄰域水生態雙向補償制度，由浙江與江蘇共建鄰域水生態補償專項基金。