部分集合住宅社區內部在「協助受損集合住宅擬定修繕補強計畫書方案」辦理期間，對於受損建物要拆除重建或修繕補強有所爭議，加上「九二一震災重建暫行條例」第十七條之一規定「因震災受損建築物安全鑑定有重大爭議者，行政院公共工程委員會及內政部應組成建築物安全鑑定小組，受理當事人或主管縣 (市) 政府提出之鑑定申請；其鑑定結果為最終鑑定，不得再提出異議。」因此這些爭議中的集合住宅社區就循法令規定，向行政院公共工程委員會提出申請最終鑑定，以致於未能在「協助受損集合住宅擬定修繕補強計畫書方案」期限內申請協助或在協助擬定修繕補強計畫書期間中途退出。
