生質能源是指由生物質提煉出生物燃料以供發電的一種能源形式。綠色植物藉太陽能進行光合作用，吸收二氧化碳轉化為根莖葉上下細胞材質，都可以用來萃取能源。生物燃料的種類主要分為由玉米、甘蔗、甜菜製造的生物乙醇；以及由大豆、油菜籽、芥菜籽或椰子油製成的生質柴油兩大類。在提煉方法上，現今較為普遍的第一代生物燃料，僅限於萃取糧食作物中少量的澱粉、油脂來轉化成能源，其他大部分都成了廢棄物。二代生物燃料，最有代表性的是利用植物纖維酵素，將廢棄的作物禾桿、木屑當中所有的植物纖維，全部轉化為纖維素乙醇。
隨著石油價格大幅攀升，生物能源的生產成本已經跨過經濟規模，預期未來技術改進，成本會再降低。各國政府的生物能源替代方案，也都訂定政策目標，積極朝向潛力巨大的生質能發展。一般認為生質能源可以幫助緩減石化燃料的造成的溫室效應，不過當發展生質能源成為各國力抗油價的首要政策時，最近學術界不同的觀察結果卻掀起爭議。
2008年初，美國科學期刊Science發表二篇論文指出：「生物燃料認定造成溫室威脅」，推翻了一般看法。而美國自然保育協會（Natural Conservancy）與明尼蘇達大學合作，研究美國、巴西與東南亞等地生質作物的栽種情形，也赫然發現雨林、泥炭地與草原，一旦被開發為農地，轉種玉米、甘蔗、棕櫚和大豆等，就會釋放出植物與土壤儲存的二氧化碳，整體排放量，遠遠超出所取代的化石燃料排放，反而造成更嚴重的暖化威脅，研究報告中也指出，只有利用廢棄農地種植多年生的生質作物，或者以回收的植物製造生質燃料，避免破壞生態系或干擾土壤的栽種方式，才能達到真正的「零排放」。
另外專家們也開始警告，使用耕地生產生質燃料作物，將會降低生長糧食作物的耕地面積。2008年4月，聯合國官員齊格勒甚至公開表示：「生產生質燃料是一項違反人道的罪行。」2008年6月初，聯合國在羅馬召開糧食高峰會議，專家分析，糧價飆漲的因素相當複雜，其中生質能源的開發，確是主要原因之一。因為生質能源的原料，是需要可耕地的農作物，然而，可耕地本來用來做為生產糧食，因此，在今年羅馬國際能源高峰論壇上，許多與會專家暗示，高油價並不是造成全球糧食價格暴漲的元凶，生質燃料才是全球糧食價格暴漲的幕後因素，卡達能源部長阿提雅甚至表示，這個世界勢必要作選擇，開車或吃飯，何者優先。
聯合國糧農組織報告指出，從2000年到2007年，以農產品為基礎的生物燃料生產增長了兩倍以上，現在已經占到世界運輸燃料消費量的近2%。生物燃料生產的農業原料（甘蔗、玉米、油籽）的需求，在今後10年或更長時間裡將繼續增長，給糧食價格帶來上漲壓力。
世界保育聯盟（IUCN）指出生物燃料從生產到使用，過程不免使用具石油引擎的機具、肥料（和肥料的製造）、農地操作、甚至土地使用等，每個步驟都會產生溫室氣體排放。生物燃料使用可以直接減碳，但是間接影響的後果加起來，就更廣泛，不只是土地使用變化，也包括氣候變遷、水的利用與品質等等。因此IUCN提出，有關生質能源的技術與潛力是存在的，只是我們目前的知識還不完整，須要加快填補，研究瞭解問題，提出正確使用方案。
糧農組織總幹事狄伍夫（Jacques Diouf）指出，生物燃料影響温室氣體排放的最重要因素是由土地使用變化來決定的。「土地利用變化，例如砍伐森林以滿足對農產品的不斷增長的需求，給土地質量、生物多樣性和温室氣體排放帶來巨大威脅。」近年來最受國際環保團體所詬病的問題，集中在過度開發的棕櫚油市場。根據「地球之友」估計，印尼蘇門答臘和婆羅洲二地，專門種植生產棕櫚油的莊園，已經開發了6.5百萬公頃。由於利潤驚人，開發公司乾脆就直接清除森林，以擴大莊園。2020年計畫達到1650萬公頃（相當於4.5個台灣面積），當地熱帶雨林的許多物種，尤其是紅毛猩猩的生存受到極大威脅。
多年來，歐盟大力推動的生質能源的研究與應用，現在在世界各地面臨許多始料未及的環境、糧食問題，學術界批評聲浪四起，各國的國家發展及大型企業組織經營方針，皆必須面對重新檢討政策的情況。
