黑潮發電雖然是台灣能源自主的希望，但是專家指出，如何將渦輪機錨固在海底、將海底電纜從外海的渦輪發電機牽往陸地等技術，甚至對海洋生態的影響，在在都是難題。
國科會副主委陳正宏表示，黑潮發電的評估研究除了涉及海洋物理的流體研究，還包括海底地質的鑽探、斷層，以及海洋生態的評估，「都要做非常精緻的調查」。台大應力所教授陳發林表示，黑潮發電需要花三到五年做先導實驗，包括渦輪機是否可行、錨固工程、以及環評等。
工研院能源與環境所資源技術組組長顏志偉表示，目前海流發電的裝置，在水深20、30公尺的近岸雖然已經有測試的機組，但深海發電機的設計，全世界還沒有可以用的方案。
中研院生物多樣性中心研究員鄭明修與中研院院士徐遐生都指出，在深海裝置渦輪機非常困難；黑潮的流速每秒約1公尺，要抵抗這麼快的流速，必須發展出極大的固定、定位能力。
鄭明修直指，國內的海事技術「還在幼稚園階段」，許多技術都須仰賴國外公司；台灣也缺乏甲級的潛水施工人員，如果要做黑潮發電，得先培植相關人才。
海底電纜也是一大困難。鄭明修說，台灣東岸從水深40公尺到海岸這一帶屬於「侵蝕海岸地形」，強烈颱風來襲，10公尺的大浪擾動海底，會淘空這一帶的海沙，影響海底結構，海底電纜很難固定；此外，還有沿岸流、潮汐的影響力量。
在黑潮發電機組設置的較佳地點中，綠島距離台灣約30公里，蘭嶼則超過60公里，鄭明修說，海底電纜要拉這麼長的距離，經過東海岸高低起伏的地形，包括海底火山、斷層等，都是很艱鉅的任務。
顏志偉指出，目前雖然已經有牽海底光纖的技術，但海底光纖只是單純的一條；而黑潮發電的機組，電纜在各渦輪機之間呈棋盤狀的陣列分布，技術上困難很多。
具有31年潛水經驗的鄭明修也指出在海中施工可能遇到的天候困難因素，他表示，台灣受東北季風影響，每年10月到次年4月海上風浪大，不適合施工，而7月到9月是颱風季。台灣一年中適合潛水的天數平均只有120天，但是只有小浪、中浪的最好天候僅50天，「在進行海事工程時要很拚」。
