相對於墾丁海域生態的復育成功，兩年前寒害造成魚群凍死、珊瑚白化，生態嚴重受到影響的澎湖海洋生態，現在設置第一個禁止捕魚的區域，但漁民相當反彈。

台灣過去這幾年來講，可能最大的傷害，是所謂棲地破壞。只要地方政府來講，他認為他有必要(設禁漁區)那事實上是比較彈性，因為設也快。

就怕再不保護，澎湖近海的海洋資源、將會什麼都不剩，就在兩年前，一場突如來的寒害，造成魚群大量暴斃，珊瑚跟著白化死亡的浩劫，傷害到現在還沒有復原。只是讓海洋休養生息，魚群數量就會慢慢恢復的觀念簡單，做起來卻很難。

根據統計，現在澎湖的漁獲量，已經是十多年前的一半，甚至更少。保育人員擔心只有一個禁魚區，對於生態保育來說，恐怕是杯水車薪，來不急攔阻破壞的速度。