馬英九曾針各界對於農村再生條例的質疑，表示條例是由下而上，並且會廣徵民意。但在實際的「公聽會」場上，發言民眾必須先經過登記才能發言，美濃農村田野學會理事鐘怡婷表示，「公聽會」上沒有說明「再生條例」為何，連條例內容都沒有發給參與民眾，整場「公聽會」就像政策宣導。
立委林淑芬認為，對於有疑慮的第三章「土地活化」政府完全沒有解釋其對農民的傷害。農委會在「公聽會」上的作法真的是欺上瞞下，不顧馬總統的廣徵民意，也不處理民眾對條例的質疑。台灣綠色陣線執行長吳東傑則表示，要在六天辦完11場說明會，如此草率的執行方式，不知道農委會未來是否真能負起政治責任。
水保局避重就輕，將農村環境改善當作目標宣導，但針對「整合型農地整備」問題卻不願說清楚，立委翁金珠提出，「公聽會」上只告訴民眾能夠獲得經費改善環境。實際上這個條例卻讓地方勢力藉此獲利，對於小農卻不會有幫助。農村需要的是能夠「自產自銷」維持農產品的銷路同時改善生活環境的政策，唯有如此農村才能真正再生。
針對農村再生，水保局提出各地社區營造成功的範例，告訴農民支持再生便能改善農村。吳東傑認為，農村條例執行的結果是地方多數能夠決定私人土地重整方式，甚至重整的經費要由農民自行支付。許多農民本身就是因為經費不足所以才無法改善，強制重整是否異位農民最後得放棄自己的土地。
兩千億或許對許多社區而言是極大誘惑，但社區營造應該是循序漸進，一次砸大錢只能營造了硬體，卻營造不了人。鐘怡婷表示美濃當地經驗是，許多硬體建設的結果，和農民想像的不一樣，可見公共資源要落實改善地方此一目的，最後反而不適用於地方，甚至破壞了當地景觀。
林淑芬說，台東的鄉親質疑農村經過再生會不會只是水泥化、財團化。面對這些質疑政府從無正面回應，因此希望政府真的能聽取各界意見。也不要以公聽會形式包裝行銷政策，而是真正對民眾說清楚條例，否則農村再生真的要變再見。
關心此條例發展的各界人士組成「台灣農村陣線」，他們追蹤4月17日第一場於台南縣白河鎮，自製紀錄片，證明水保局的公聽會「很不公聽」，並呼籲舉辦聽證辯論會。
