環保署指出，六輕營運對民眾健康影響的研究，已有經濟部工業局、台塑石化、及雲林縣環保局各自委託研究機構調查，因執行單位不一，研究調查及資料取得方法各異，而發生結論相左，調查結果無法形成公信力的情況。因此已函請地方政府（含鄉公所）及民眾、台塑石化公司、環保團體、國民健康局等四方，各推薦健康風險評估及流行病學專家，參與相關計畫與結果之審查。
環保署表示，2007年5月起，該署於雲林縣台西鄉設置光化學污染物監測站，監測臭氧、臭氧前驅物及部分含氧揮發性有機物；另協同雲林環保局對加強稽查監測發現之空氣污染物種及可疑污染來源進行調查，佐以紅外線監測儀（FTIR）等光學監測設備進行監測，並將監檢測結果及確認違規情節屬實之污染源，交雲林縣環保局處分並限期改善。2008年查核發現丙烯洩漏來源，要求六輕改善後，2009年丙烯監測值已較去年降低。