埔里鎮鯉魚潭冬季枯水季節，水位下降，比出水口還低，形成一池死水，水質優養化嚴重。當地居民希望縣政府環保局趕快想辦法改善，否則鎮民票選第1名風景區則有名無實。 

環保局水保課表示，鯉魚潭畔只有天水蓮大飯店設施污水處理槽處理污水，但潭畔住家、民宿都把污水直接排放到潭內，加速水質優養化，再不重視改善這個問題，鯉魚潭有朝一日也會變成一池既髒又臭的死水，無法再吸引遊客。 縣府曾規劃要把生活污水排放到附近的排水溝，因部分路線地主反對而作罷。