中科三期司法爭議紛紛擾擾，仍於8月31日環評大會「有條件」通過，並於9月2日公告，國科會立即於6日核發開發許可，並即將於17日舉辦公開說明會；而台北高等行政法院雖於13日召開強制執行聲請準備庭，至今尚未裁決。此時，又傳出當地居民疑受威脅、不得參加說明會提反對意見。
針對831環評結論，農民代表將再提行政訴訟。
擔心后里居民無法得到應有的保障，立法委員田秋堇16日緊急召開記者會。
8月31日環評大會上，中科管理局承諾處理后里居民王盈婉家庭土地與農田的問題；9月1日初步會勘後表示將於兩週內提出解決對策。王盈婉表示，15日中科局林建國等3人突然到訪，表示台灣世曦工程公司將於17日上午10點會勘，這個時間正好是中科局舉辦公開說明會的時間。王盈婉表示，曾要求改期，但林建國等人卻要求王盈婉不要參加隔天的說明會，因為局長楊文科希望說明會能平和落幕。
記者會上，王盈婉並與林建國對質，場面氣氛一度緊繃。
對於會勘時間與說明會時間衝突，中科管理局建管組陳季媛表示，這是因為內部營建組和建管組彼此不知彼此時程所致，並當場承諾可以改期。對此，立委田秋堇甚感憂心，認為中科局必須要等到開記者會才願意改期，「正式」復工後，農民的權益無從保護。
行政部門帶頭不守法 廠商淪為代罪羔羊
中科三期行司法爭議未解決，行政院挾著行政優勢，不顧人民健康疑慮，執意讓中科三期環評闖關。詹順貴律師說，最該苛責的就是行政機關，原應以客觀公平地兼顧人民與廠商的利益取得平衡，卻置司法判決於無物，讓廠商背負欺負農民的罵名，成為代罪羔羊。
詹順貴說，個別行政機關對其所執掌業務的法令當然可以解釋，但當人民不服，訴諸法律訴訟，最終的法律解釋權仍在司法。當司法院一而用再以判決、裁定告訴行政部門，對中科三期的法律見解是錯誤的，政府卻仍一意孤行。
詹順貴舉8月19日馬英九總統在全國工業總會年會發言，「即便是違法，但是為了廠商，也可能是最大公共利益，也可不撤銷。」然而，最高行政法院2010年2032號裁定裡有一段話指出「廠商的建廠營運個別利益是屬於私益而非公益」，不啻狠狠打了政府與總統一巴掌。
8月31日環評大會詹順貴也在現場，中科管理局信誓旦旦說隔天要去現勘等等，事後證明幾乎是說給委員聽的，現在環評通過、公告了，當初的承諾成為空言。隨著8月31日環評審查結果出爐，環團和律師很快就會到行政院提訴願，接著進行行政訴訟。
后里農民陳欽全說從小被教導要守法，沒想到臨老卻遇到一個不守法的政府。中科三期已經有條件通過，面對隨著17日說明會之後中科管理局的復工，他質問，「會不會也像行政院、國科會、環保署不守法？」，若不遵守環評規範，誰來監督、把關？
政府不守法 人民唯有尋求司法保護
詹順貴律師說，沒有8月31日環評結論出爐，中科管理局就可以復工這個問題，他們從未停工過。
中科三期行政訴訟不斷，高等行政法院雖裁決中科三期（后里基地七星農場部分）撤銷環評，之後又裁定停工的假處分，但國科會及中科管理局又解釋為效力不及於廠商，繼續維持進度施工，並一邊提出假處分的抗告。
高等行政法院於9月初駁回抗告，后里居民代表遂於3日再提強制執行聲請，要求法院以傳真通知到達後12小時內，要求行政院國家科學委員會中科管理局（中科）停止中科三期開發案所有開發行為，違反者將通知警察機關拘提國科會代表人李羅權管收，直至國科會履行完畢為止。
13日下午，台北高等行政法院史無前例的召開強制執行聲請庭，讓后里農民、代表律師以及環團振奮不已。審判長在聽完兩造的陳述後，宣佈候核辦休庭。然而17日說明會再即，律師擔心若勝訴的判決未能及時出爐，將造成既定的傷害。
提案律師林三加表示，1月法院判決撤銷環評後，環保署續審的環評皆為違法，因此8月31日的環評審查結論「形式合法但不會變更原來的裁決」，即為無效之結論。而強制執行聲請是要求中科三期停工，包括不可提供水、電給廠商，他強調執行法院判決不可打折扣。
國科會及中科局律師代表則表示，要求廠商停止開發逾越超越其行政職權，並舉行政訴訟法第305條第2款逾期不履行者，才強制執行。其次，沒有任何根據說開發破壞環境或造成健康風險。最後，國科會已根據8月31日環評結果，核發新開發許可，原開發許可已廢止。
依據《環境影響評估法》第7條第3項「審查結論主管機關認不須進行第二階段環境影響評估並經許可者，開發單位應舉行公開之說明會。」；《環境影響評估法施行細則》第18條「開發單位公開之說明會，應於開發行為經目的事業主管機關許可後動工前辦理。」17日中科局將於內埔國小活動中心開說明會，作為復工的暖身，然而這幾乎只有形式意義，中科三期從未曾停工。
