現行的區段徵收制度下，作為徵收補償費計算基準的「土地公告現值」與市價相去甚遠；而根據地政學者研究，實務上，區段徵收後原地主所能取回的土地（抵價地）面積平均不足30%，遠低於法令下限之40%。
在如此失衡的制度下，土地被徵收的小地主所能獲得的補償根本無法維持其基本生活所需；而沒有土地所有權的佃戶，甚至可能無法取得任何補償。竹北一帶農民即因都市計畫，經歷多次徵收與拆遷，「台灣知識經濟旗艦園區特定區計畫」（台知園區），更讓農民處境雪上加霜。
大學之本 本於炒地皮？
29日北上農民不斷質疑，交通大學到底是辦教育還是炒地皮？台灣農村陣線發言人蔡培慧表示，交大只需40公頃土地卻與新竹縣政府聯手徵收400多公頃的土地，擴大圈地範圍，計畫中的316公頃優質生活區，就是住宅用地。
台灣農村陣線對於本該秉守價值中立、社會良心的國立大學，包括台大、台科大與交大，均以「產學合作」為名，配合縣政府強徵民地、擴張校地，表示不妥。
例如，交大積極介入璞玉計畫規劃案，以換取40公頃「科學園區化大學城」的免費校地；台大取得竹北校地後，至今閒置任其荒蕪；而所謂「科學園區化大學城」，並非用於教學用途，而是為建立「產學合作」之「產業專區」，進行招商作業以開闢財源。
招商不利 卻不斷徵地
另一方面，與「台灣知識經濟旗艦園區」緊密整合的高鐵38公頃產業專區「生物醫學園區」，5月中旬開幕，農民表示，趁著馬總統親自蒞臨剪綵，現場也來了10部遊覽車，載來支持民眾，縣府刻意將支持與反對的民眾隔開，顯得支持者人數眾多。但這些支持者顯然不是當地人，農民猜測可能是房屋仲介商、建商及交大所號召來的群眾，意圖魚目混珠，讓總統以為大多數人都支持徵地開發。
農民也表示，生醫園區只有一棟招商大樓，至今招商情形不如預期。現在又要將離高鐵站步行不到10分鐘的商業區，以較遠的旱地、墳地以及部分農地交換蓋台知園區。
竹北璞玉自救會近日以存證信函方式，洽詢6家台知園區預定廠商進駐意願，其中兩家廠商（文佳、偉詮）以公文回函（副本知會新竹縣政府）表示沒有開發意願。
農民也說，新竹縣政府對於土地徵收完全沒有任何文字資料，也未談條件，只做口頭承諾以地易地，細節則不詳。至今辦過的一場說明會，當民眾要表達意見，縣府卻以台電5點停電為由不讓民眾談下去。民眾認為根本只是跑程序應付，對於民眾的意見不回應也不接受。
