連日來，黑面琵鷺的死因，引起大家的震撼與熱切的討論。不論是最初的凍死說，或是吃到病死魚而中毒，或是吃到因不當清理漁池所用的有機磷農藥或氰酸鉀過量致死的其他魚蝦，這種種的可能原因，都還有待專業人士的查証。但是，部份愛鳥人士也提出為何只發現黑面琵鷺死亡，卻沒有發現小白鷺等同樣吃魚蝦的鷺科或其他水鳥的死屍，感到十分不解。為此，農委會、台南縣農業局及防治所、特有生物中心已共同進行黑面琵鷺遺體的解剖，以儘快查明死因，才能有效進行正確的保育行動。
關心黑面琵鷺的保育人士，對於農委會、台南縣政府、衛生署…等各單位，能夠迅速派遣相關人員，包含學者專家、獸醫…等下來協助一事，給予肯定。但是，其仍然強調黑面琵鷺是國際公認的保育類鳥種，也是多次成為台灣政府向國際宣傳的重點，台灣新版護照的內頁即是以黑面琵鷺為底圖的。這次的死亡事件如果處理不當，將會造成台灣的國際形象受損，因此，建議政府應趁此機會，迅速建立保育的救難體系與程序，進一步提昇保育救災的效率，同時釐清地方與中央的權責，以有效的結合保育團體及相關資源。
雖然黑面琵鷺的死因還不清楚，但是，進行必要的預防措施卻是目前最重要的工作。目前，台南縣政府及當地的保育團體，包含濕地保護聯盟、台南環保聯盟、台南鳥會…等，共同在台南的七股苗圃成立臨時急救與收容中心，但為了提供更好的照護，已於今天移往台南縣的家畜防治中心進行救護。每天前往黑面琵鷺保護區及外圍的漁塭巡視，希望能及早發現待救援的黑面琵鷺，目前中心已收容十餘隻的黑面琵鷺。
由於鳥類是十分敏感而且脆弱的動物，一般人如果沒有正確的捕捉方法，很容易造成黑面琵鷺受傷，甚至過度緊張而粹死。因此，中心呼籲民眾來到七股賞鳥的時候，請共同留意是否有看起來行動不良的白鷺或黑面琵鷺。發現病傷鳥的民眾請與台南縣的家畜防治中心進行救護聯絡，電話：06-6324829，地址：台南新營市長榮路一段501號，也可與七股苗圃聯絡06-7880014，由其代為處理及轉送防治中心。
