台灣社會雖然進口基改作物，但是田間種植基改種苗卻未有申請成功的案例。去（2011）年12月5日由亞洲大學及中研院合作研發的「亞大中研1號紫米」品種權申請書送進農糧署審議，其中因牽涉T-DNA轉殖技術的使用，被視為基因改造種子，要求按照相關規範、流程進行申請。研發團隊雖極力否認此品種為基改品種，但有義務加以說明；農委會也應對此加以釐清，做好萬全的準備。
基因改造一直備受爭論，支持者認為基改作物能解決糧食危機、增加營養素及耐候，創造人類福祉；反對者認為基改違反自然的基因鏈結所造成的健康風險、生態危機將導致嚴重的失控。而政府對基改作物種植採取審慎把關態度，目前尚未有合法申請通過生物安全評估的基改作物種植計畫，但基改種苗的研發未曾稍歇；而每年國外進口、吃進人畜口中的基改作物，更不知繁幾。
據報導，亞大中研1號紫米是利用突變水稻植株培育而成，去（2010）年4月便已生產，亞洲大學多位師生皆已品嘗。亞大生物科技學系主任范宗宸當時對蘋果日報記者表示，該稻米含有豐富的花青素，有助提高抗氧化功效；栽種成本雖貴10%，但抗風害、不易倒臥，每公頃產量8000公斤，比一般稻米多3成。
亞洲大學設有「T-DNA水稻研究中心」，將稻米經T-DNA轉殖後得到突變品種。范宗宸接受本報記者訪問時，否認此品種是基改種子，他說，這是組織培養出來的自然突變種。去年4月稱產的紫米，是借用中興大學的隔離田種出來的。
中研院分子生物研究所研究員余淑美表示，基因改造分為天然及人為兩種，一般討論的都是人為方式介入的基因改造。1號紫米雖然使用T-DNA進行基因轉殖技術，但並未測到外來基因，因此應視為自然的基因突變。
但是事後監測不出外來基因，到底是真的完全沒有，或是測不到？台大農藝系副教授胡凱康表示，一般作物若以基改方式例如T-DNA轉殖技術進行改良，就該進入隔離田的流程，相關的處理和觀測都須在基改種苗申請規範下進行，而其所造成的結果，都是視為基因改造的；非逕自依據結果來認定。
目前亞大中研1號紫米已進入品種權審查階段。作物生產組種苗管理科長黃淑汝表示，審查委員認定未排除基改風險，應比照基因轉殖植物田間實驗規範申請，也就是說，必需申請許可進行田間實驗，並經審查通過，之後還須獲得主管機關之核准文件才可獲得品種權，但在台灣政策未改變之前，基改種子即使獲得品種權，仍不得推廣和銷售。
黃淑汝說，台灣並未禁止基改品種權申請，目前基改生產管理條例草案也未通過。
台大種子研究室也表示，我國目前管理基改作物的單位尚未對紫米品種進行生物安全評估，也未有已核准可種植的基改紫米，亞大中研1號紫米在基改風險未明下種了兩年，基因污染風險應釐清。
