長期以來，農委會為了降低農損，每年以毒餌滅鼠的滅鼠周政策為解決；但是，滅鼠週到底能不能真的抑制鼠類（齧齒類）族群數來達到減少農損之目標，至今未有定論，但包括猛禽在內的食物鏈頂端族群的間接傷害，卻缺乏討論。
無論農地用藥殺蟲、除草、滅鼠，都牽涉到屬於全民的生態價值與食品安全問題。有鑑於上述疑慮，環保署10日邀集農委會防檢局、林務局和特生中心及地方農業局，研商「農委會滅鼠周執行期間之施藥期如何避開保育鳥類繁殖期」，但因只解決保育鳥類繁殖期，而召開單位既非農業主管機關也非保育主管機關（環境資源部組法草案尚未完成立法，主管機關仍為農委會），也不探討毒餌政策，更未全面探討毒餌滅鼠的生態損失以及食品安全，而顯出頭痛醫頭、腳痛醫腳。
根據農委會新聞稿，農委會選定每年10月底到11月之間擇一周為滅鼠周，因為「入秋之後各地農作物已陸續採收，田間食物來源減少，正是採取防除工作的最佳時機。」去（2011）年防治面積58萬公頃，每公頃農地使用1公斤毒餌，並表示「野鼠繁殖快速會危害農作物及可能傳染人類疾病」、「於滅鼠週前後辦理野鼠密度監測工作，每年防除率達8成以上，有效降低田間野鼠數量。」
毒餌滅鼠殃及猛禽 很傷
當鼠類吃了毒餌，並不會立即死亡，只會行動變得緩慢，這也讓掠食者有機可趁。會吃齧齒類的物種，包含猛禽在內，都屬於食物鏈的頂端物種，族群數損失後沒辦法像鼠類次年族群數就恢復，這樣的結果農業與生態兩敗俱傷，只使得毒餌使用生生不息。
國內雖然尚未針對田間毒餌滅鼠與猛禽的相關研究，但因誤食毒鼠造成猛禽的損失卻時有所聞。2010年11月21日聯合報台中報導，保育類猛禽大冠鷲疑誤吃毒鼠受傷，台中縣野鳥救傷保育學會研判滅鼠藥成分引發有機磷中毒；當年光是該協會就已經發現有鳳頭蒼鷹、長耳鴞、短耳鴞、大冠鷲等8 隻珍稀保育猛禽誤食中毒，雖多數得以救治，也有死亡的病例，未經發現、再加上其他區域類似情況的猛禽數量不容小覷。
根據台灣猛禽研究會祕書長楊建鴻的看法，許多猛禽主要捕食鼠類，猛禽吃了中毒的鼠類，雖然不至於立即死亡，但累積在體內的毒素所造成的傷害往往被忽略。除了直接導致器質性衰竭死亡，也可能因此影響飛行能力或判斷能力，導致意外死亡，而後者除非進行檢體解剖研究，否則並不會被計算與毒餌毒性有關。美國曾針對瀕危物種遊隼被撞死的個體進行研究，發現體內普遍累積的毒素與誤食毒鼠有關。
毒餌滅鼠只維持族群數不增加
農委會坦承，投藥後老鼠出現的密度會下降至與前一年相同，「老鼠藥的確達到抑制數量的作用。」而有地方政府代表指出，投藥後雖然鼠類密度下降，但來年滅鼠周前密度會回升至原來水準，鼠類繁殖的速度極快，只能盡量抑制鼠類族群數量。
鼠滿為患所顯示的食物鏈意涵
農民站在保護農穫的立場，視鼠類為禍害，除之而後快，但站在自然生態的立場，鼠類仍扮演著重要的生態角色，當鼠滿為患時，我們卻未站在食物鏈的角度思考，以架構穩定的生態系為目標，而只是用人類認為快速的方式毒殺老鼠，無視於對食物鏈造成的危機。
捕食鼠類的物種，不只是鳥類，石虎、貓、蛇等哺乳類或爬行類動物都是，鼠類的天敵幾乎無所不在。而捕食鼠類的鳥，也並不僅止於猛禽。台灣即使在市郊，只要稍微空闊地，都可見猛禽盤旋，石虎、蛇類也常於田間活動。利用天敵滅鼠的生物防治，並非不可能。
站在猛禽的立場，楊建鴻認為透過一定的猛禽族群可達到控制鼠類族群數量；曾撰文〈滅鼠？滅鳥？還是滅人？〉投書本報的金門大學運動與休閒系兼任講師董森堡更估算過，若一隻鳥平均每3天獵食1隻老鼠，1個月就有10隻老鼠被捕；而1隻鼠的存在，以平均值計算每年約可生產50隻幼鼠。因此，死1隻捕鼠鳥類換來的代價約等於250隻老鼠的成長（且未計算其快速成長的後代）。
以恢復生態系為出發
農委會保護農民的作物，是可以理解的，但為了避免農業損害而忽略生態評估，卻不容民眾忽視。解決鼠害的方式有很多種，目標應以兼顧環境甚至食品安全為主，在此目標下尋求解方，而保育主管機關無法置身事外。
農委會雖表達停止使用，鼠數量就會變多、恐引起民眾反彈。前者，有待商榷。後者，基於教育農民及民眾的立場，農委會應釐清問題，把事情講清楚，與其不斷透過毒餌滅鼠，或許可思考保留田間樹叢、空地作為鳥類繁殖棲息地，營造生物多樣性空間與完整的食物鏈，讓萬物互相牽制的道理，解決問題。
