政府保育媽祖魚第一個具體行動，依據《野生動物保育法》劃設野生動物重要棲息環境在即，然而影響白海豚的開發行為環境衝擊評估卻由環保署執掌，立法院為此提出決議文，要求環保署就白海豚保育於職責內，提出環評以及海洋污染相關計畫，協助減輕對白海豚的衝擊，並需於兩個月內邀集學者、專家以及民間團體研商，並定期向環衛教委員會報告。
林務局表示，白海豚推估族群數量為78隻，未來保育重點包括：調查族群分布與基礎生態並持續監測，也將了解白海豚生態與生活史，保護現有棲地，改善棲地品質，也將加強環境教育與推廣。
拉高層級救白海豚
立委邱文彥表示，白海豚算是台灣的國寶「魚」，國光石化停建甚至是由總統決定，處理上必須慎重，建議回歸到行政院永續會討論。彰化縣環境保護聯盟副理事長蔡嘉陽也認為白海豚保育應提升到政務委員的層級，而非都讓林務局背負保育的責任，成為眾矢之的。
有學者建議重要棲息環境劃設後，需進一步公告為野生動物保護區，但中央研究院生物多樣性研究中心副研究員陳昭倫卻認為，與其未來劃設野生動物保護區引起漁民反彈，不如依照漁業法劃設為漁業保護區，並將西海岸的幾個河口劃設為保護區，更能達到保育的目標。
成大教授王建平表示，此案區域大，跨縣市溝通、牽涉更不同專業，應先彙集各項資料，林務局應提相關配套、組織章程，也請開發單位提配套作法，而非只說不能配合卻不願解決問題。
河口水質需列甲級
威脅白海豚生存的因素，包括淡水補注以及食源匱乏，都與河口生態系有關。河口水質影響營養鹽供給，過去河口是三不管地帶，相關研究十分缺乏，幾位專家都提出水質監測的重要性。林務局建議，此處水質PH值能維持7.8，監測重金屬以及賀爾蒙以及水下噪音的規範。環保署水質保護處簡任技正王嶽彬表示，劃設範圍內的海域水質都將保持在甲級水準。
王嶽彬表示，幾條重要河川都設置監測站，而區域排水河川，環保署也都有補助經費進行監測，並且每半年統整一次，未來也會加強重金屬的監測管理。
提到白海豚保育，他以香港水域指標為例，當初興建赤鱲角機場也曾將白海豚保育納入考量，其水質監測標準還比台灣寬鬆。六輕放流水標準有加嚴，雖然他們希望能放寬標準，但水保處將維持以往的水準要求。
從白海豚保育到海洋教育
白海豚保育也讓學者專家意識到台灣海洋教育的欠缺，邱文彥即表示將啟動海洋教育的公聽會，將白海豚列為首要內容，並納入海洋保育的相關內容。立委田秋堇也提及日本海洋教育紮根很深，認為教育部應加強海洋教育，讓保育海洋的觀念深植在民眾心中。
中研院生物多樣性研究中心研究員鄭明修認為，海洋教育先從親海開始，而教育部卻是考量先編訂教材。台大教授周蓮香也認同海洋教育之重要性，他說他女兒考試要求背出台灣保護區的名稱，這樣只讓學生恨死了保護區，不會感受保育的重要性。蔡嘉陽則建議在中小學課程編一課白海豚的課程。
鄭明修說現在西海岸利用竹筏出海的生態旅遊越來越多，從台江國家公園開始推四草之旅，台中港外也逐漸出現，民眾都懷抱著希望能在沿海一睹「媽祖魚」的風采，看到了就非常高興。
底拖刺網需解決
依據漁業署公告，3海浬內海域禁止底拖漁撈，卻有與會者表示，此事天天發生。採珊瑚、鯨豚肉海產店還吃得到，顯示政府執法不力。而台灣未禁止使用流刺網，流刺網卻是鯨豚殺手。幾位學者都表示應解決刺網的問題。
自然科學博物館助理研究員姚秋如表示，卡到一隻海豚就是死掉一隻。黑潮文教基金會主任賴威任表示，曾在1天中看到4-5隻虎鯨，隔天就看到2隻死於流刺網。
中華鯨豚學會委員陳孟仙表示，根據調查顯示，拖網或刺網所捕獲的漁獲組成，50%和白海豚的食餌一樣，若再計算無經濟價值、遭丟棄的雜魚，則高達80%。
與海共榮 與白海豚共存
漁民是海的專家，如何邀請他們成為鯨豚一掛，煞費苦心。即有學者表示，調查的時候找漁民，調查完畢劃保護區，告訴漁民以後不可以在這裡抓魚，「真是情何以堪！」陳孟仙卻認為，漁民並非無法理解，幾次和漁民溝通，漁民是容易溝通的，或許可以考慮協助漁民轉業，例如帶著民眾出海旅遊觀光，或擔任解說員；反而與漁業署溝通時，他們常將人命重要還是豚命重要放在一起，溝通上挫折重重。
與會者也針對漁業署的角色發表看法，認為漁業署應先認同白海豚保育這件事，而非只是制式的執法。「最該進行環境教育的就是漁業署」媽祖魚保育聯盟執行秘書甘宸宜坦言。此外，學者也建議漁業署應先與漁會溝通。賴威任表示，漁會會告訴漁民海豚把魚吃光光，他們的話會影響漁民的認知。
蔡嘉陽認為國家應將漁業資源匱乏的原因找出來，把問題說清楚，而非將漁業資源匱乏怪罪給可見的白海豚。「以前白海豚很多，漁業資源也很多，也未怪罪白海豚；」蔡嘉陽說，政府應檢討漁業資源生產力的原因，並與漁民溝通清楚。
邱文彥表示，考慮漁民與海洋共存共榮的背景，加強與漁民的溝通，建構永續漁業的法令復育海洋。田秋堇也說，白海豚保育以及劃設重要棲息環境不影響漁民生計，不要讓漁民過度憂慮。
林務局表示今年會有6次說明會與預定範圍內的6個（南龍、通苑、台中、彰化、雲林、嘉義）漁會合作。
從運動到漫長的保育之路
重要棲息環境劃設之後，龐雜的業務才要開始。邱文彥認為，應籌措足夠的經費加強沿海水質的監測以及白海豚洄游路線長期研究，這些沒有經費是不可能的。
邱文彥說，白海豚活動路徑的研究有利於未來開發案的審查，對海豚保護更具體。廣東省最近的港珠澳大橋開發案，就是了解白海豚路徑而將部分路段海底地下化。他提及當初審查中科四期，即要求放到水深至少30公尺以外，最近也有研究指出，水排放到海中，只在5、6公里迴盪，不會再往外流。
邱文彥建議在環資部或林務局下設置專職機關，可以國光石化環評案的白海豚專家小組為基礎，成為白海豚保育平台，以擴大相關研究。
幾位學者也建議，重要棲息環境劃設後，應設立跨部會的專責管理單位以及研究基金。甘宸宜則建議環保署成立一個常設性的白海豚專家小組，開發案先送進專家小組審議；此外，開發案考慮總量管制。
與會者也針對活體採樣進行研究展開論述，此外影響白海豚甚鉅的離岸風機的設置也為討論焦點。未來填海造陸已不可行，而離岸風機則須等環保署政策環評後才有定論。
中華白海豚野生動物重要棲息環境劃定後，區域內之所有開發利用行為，都必須依照野生動物保育法第8條及其施行細則6-11條辦理，範圍內既有之增設、擴建與整修工程，或其他新興之開發與工程設施行為，均應依野動法向直轄市、縣市主管機關審查並報請中央主管機關許可後，使得向目的事業主管機關申請。劃設前即於該區域內經常性或週期性實施或辦理之既有土地利用行為，於劃設後依野動法8-1擇其影響野生動物棲息最少之方式及地域為之，不得破壞其原有生態功能。
