針對環保署長沈世宏日前表態，美麗灣是違建，應先拆除再做環評一事，多位立委及環團紛紛給予正面肯定；但關於沈署長說美麗灣為地方管轄，中央無法插手，環境律師與環團皆表示，環保署仍有監督之責，且美麗灣為台東縣政府的BOT案，中央不得放任地方自行審理；台東縣政府則表示，尊重署長個人意見，但美麗灣事件仍會再做綜合性評估，依法行政。
環保署長沈世宏24日於立院社會福利及衛生環境委員會表示，依照上周最高行政法院的判決，美麗灣度假村是實質違建，應該先拆除再做環評，但建照核發並非環保署業務，應該依《建管法》由內政部處理；且拆除權責是在台東縣政府，環保署無法源處理。
對於環保署長的表態，地球公民基金會花東辦公室主任蔡中岳給予正向肯定；但他認為，依現行《環評法》，權責雖是交由地方政府去審議，但中央環保署應肩負監督的責任；民國96年陳重信當環保署長時，就曾對美麗灣停提出「停工」的糾正，環保署應積極，行監督之責才行。
立委蔡錦隆也表示贊同沈署長的說法，他指出，美麗灣用分割開發地來規避環評，遭最高行政法院判定環評無效，台東縣政府應依法行政，採取行動；立委劉櫂豪則說，美麗灣是否為合法開發，應依法律面，尊重縣政府的判定。
北大不動產與城鄉環境學系副教授廖本全則以「當財團統治政府」投書蘋果日報表示，最高行政法院的判決已說明美麗灣的開發一切違法，但縣府卻暗地裡重啟環評，卻遺忘了在環評前應先自行調查與懲處，為何造成此一違建事實；他指出，不守法令規範者應就地正法，而非就地合法。
針對環保署長指出美麗灣違建應依《建管法》由內政部處理，律師師詹順貴表示，「內政部只能做法律解釋，拆除權責仍在地方」；他另外指出，因為美麗灣飯店當初申請名目為一般旅館，因此主管機關為地方，所以環評才會交由地方處理，但其實美麗灣度假村內部設備，早已達觀光飯店的等級。
「台東縣府應迴避表決交由中央審查。」環境律師蔡雅瀅說，美麗灣是由縣府委託民間業者的BOT案，台東縣政府閉門造車，自行審議美麗灣環評；行政法院於第一審時便提出質疑指出，為求環評公平性，契約當事人－台東縣政府－應迴避環評大會的表決，因此美麗灣環評應交由中央審查。
針對環保署長的說法，台東縣政府建管科科長賴旻炫表示，尊重署長個人意見的表達，但美麗灣的事情仍須由台東縣政府處理；台東縣政府秘書長陳金虎則說，不能依最高行政法院判定做最後結論，美麗灣事件仍要做綜和性的評估，像是台東的地方發展、業者的損失、地方居民就業、環評法等；且目前尚未看到最高行政法院的公文判決書，因此也無法依法行政。
