台電公司委外調查運轉中核電廠的地質狀況，在核三廠內往下鑽探岩層。學者分析鑽探結果，指恆春斷層「就在核三廠裡」，離核島區可能只有700、800公尺，且很有可能是活動斷層，可能發生規模7.1的嚴重地震。
原能會自民國98年要求台電改善核電廠耐震度，包括重做海域、陸域地質調查。台電委託中興工程顧問公司研究，於2012年底提送原能會，原能會現正進行審查。
新調查發現，恆春斷層比過去知道的更長。早期研究認為恆春斷層只有陸上的16公里，從屏東海口延伸至南灣一帶。但台電的新地質報告顯示，恆春斷層往北延伸2公里至竹坑溪外海海域，往南則延伸23公里至南灣海域，總長達41公里；依此估算，可能產生最大地震規模為6.9至7。
但台大地質系教授陳文山看過這份報告後，直批台電「打迷糊仗」。他說，綜合這項新調查與他過去研究，恆春斷層可能往北延伸至屏東楓港，長度可能達50公里以上；恆春可能發生的地震規模將超過7.1，如果震央在恆春斷層上，核三廠搖晃程度「一定超過核三廠耐震係數0.4G」。
陳文山指出，根據台電新報告的鑽探資料，核三廠底下有活動斷層通過，應屬恆春斷層的一部份，也就是說，「恆春斷層根本就在核電廠裡，」且距離電廠核島區可能只有700至800公尺，甚至更近。
不過，台電卻未在報告中提及電廠底下的活動斷層，陳文山表示，就算台電認為電廠底下是另一條斷層，「在報告中也應該寫出來。」
中央地質調查所過去將恆春斷層「暫列」為第二類活動斷層。
陳文山表示，這次台電在核電廠內往下鑽取「岩心」，除了發現核電廠下有斷層、褶皺，同時還找到十幾、廿個特殊的超微化石，代表斷層在27萬年內活動過，「很有可能是活動斷層。」
他建議台電應再次確認是否認錯標本，如果是真的，會「很嚴重」。他說，依據美國、日本、韓國等國標準，恆春斷層「就是活動斷層」，核三廠「早該關廠」。
陳文山指出，民國60幾年核三廠開挖時，就發現電廠下有斷層，只是當初台電認為活動性低，事實上只要有斷層，選場址時「避都來不及了」。
