位於綠島南寮漁港外海的「大香菇」，是全世界最大的微孔珊瑚，根據學者調查發現，大香菇面臨退化、白化威脅，台東縣政府農業處提出保護計畫，希望保護這株已有1200年歷史的珍貴珊瑚。

農業處漁業科指出，大香菇高達12公尺、圓周31公尺，對於綠島生態及觀光產業相當重要，不過中研院生物多樣性研究中心副研究員陳昭倫5月底到綠島「珊瑚總體檢」，發現大香菇因2度遭觀光潛艇撞擊，造成2個大凹洞，約占整株的4分之1，且被「黑海綿」覆蓋。

漁業科強調，綠島沒有廢污水排放系統，再加上1年約35萬人次觀光客，生活廢水大量排入沿海海域，解決水質惡化的治本之道就是興建污水處理設施。

以海底生態豐富聞名的綠島，2007年12月底爆發大量死魚暴斃事件。經中研院生物多樣性中心研究員鄭明修與多個單位研究後，已排除毒品、自然因素、電魚等因素，目前幾乎斷定是魚型鏈球菌（Streptococcus iniae）搞怪，也創下全球第一起在開放海域中，大量魚群受細菌感染死亡的案例。

屏東科技大學動物教學醫院醫師謝嘉裕發現，送驗死魚樣本大多遭魚型鏈球菌感染，此菌是養殖魚類重要致病菌，也是人魚共通病菌，會引發人體心內膜炎、腦膜炎、關節炎與菌血性蜂窩組織炎等症狀。

鄭明修推測，可能是遠洋漁船將已腐敗、受感染的魚直接拋入海中，或民眾將處理完的魚體臟器拋棄，才會造成大量病源流至開放海域，加上這些野生魚種可能是首次接觸到該菌種，才會大量死亡。

每年湧入數10萬的觀光人潮的綠島，每日最高排放廢水量有1500多公噸，而綠島至今連一個污水處裡設施也沒有，部分學者專家擔心會影響綠島珊瑚礁感染「黑病」。

負責綠島珊瑚總體檢的中央研究院生物多樣性研究中心研究員陳昭倫表示，綠島珊瑚黑病是否和排放廢水有關，還需進一步調查，不過，可以確定人口密稠處感病的情況最嚴重。他建議綠島應該迅速設置簡易廢水處理設施。

觀光局東部海岸國家風景區綠島管理站表示，設置大型污水處理廠，面臨土地徵收等問題，緩不濟急，建議由綠島監獄、學校等單位，自行先設置雨水、污水處理設備，再進一步處裡一般家庭廢水。

綠島有許多林杸樹，過去在這裡發現只吃林杸樹葉的津田氏大頭竹節蟲，數量龐大，但今年數量大減，綠島人擔心是不是另一種生態警訊。

這種全身綠油油，只吃林投樹葉為生的津田氏大頭竹節蟲，眼部一對黑點眼睛看起來特別可愛，牠被視為海岸生態系的指標性昆蟲，可是今年這個族群數量異常大減，讓島上的人很擔心是不是出現了生態警訊。

綠島文化生態協會理事長林登榮：在往年的時候，在4、5月應該有很多成蟲了，可是到今年來說，我們都發現不到一隻成蟲，大概能夠看到的就是偶然認真的去找的時候，能夠找到一隻兩隻。

可是同樣以林投樹為生的另一種長肛竹節蟲數量卻大增，不過這兩種昆蟲並不會競爭攻擊，為什麼會出現這種生態大消大長的情況，讓綠島人很疑惑，希望昆蟲專家能來解開這個謎題。

台東縣政府追查綠島魚群暴斃原因，委託農委會農藥毒物試驗所檢測250種農藥和氰化物殘留，並沒有發現異常情況，初步排除農、毒藥致死，暴斃原因至今仍然是個謎。

綠島北面海邊，從綠島燈塔至人權紀念園區3、4公里海域，從2007年12月20日開始，漁民發現魚群暴斃海邊和水面上，死亡的珊瑚魚群多達26種，且是陸續暴斃，並非同一時間死亡，目前還有零星的死魚。

台東縣政府和海巡署委託水試所澎湖海洋生物研究中心調查的報告，魚群暴斃原因並非釣具、網具、或是電炸魚所引起，也和地震、水溫等自然因素無關。但是死魚的腮蓋出現紅腫現象，且消化系統沒有食物，顯示死亡前應有一段時間未進食。綠島鄉公所希望環保單位介入調查，或許是國際貨輪、商船經過綠島航線時排放垃圾或是其他有毒物品引起。

內政部營建署說，政府去年成立東沙環礁國家公園，是第一座海洋型國家公園，為提升海洋保護區面積，今年將辦理綠島、北方三島 (彭佳嶼、棉花嶼、花瓶嶼)及澎湖群島生態、漁業及景觀資源調查分析，朝成立海洋型國家公園努力。

內政部在去年成立海洋國家公園管理處，主要以海洋環境及資源保育為重，由於東沙環礁國家公園是台灣海域唯一發育完整珊瑚環礁，扮演南海與台灣周邊海域海洋生物種源庫的角色，未來重點在建立東沙環礁生態基礎資料以進行珊瑚復育。

海管處透露，自今年起，將以3年時程移除東沙島上例如銀合歡的外來種植物，並同時建置苗圃培育原生種植物，以阻絕外來種植物入侵機會，並以「生態復育」理念進行整體生態空間營造，回復東沙島原有自然生態景觀面貌。

男子郭振正涉嫌在綠島以十字弓盜獵保育類動物，昨天當他企圖把動物屍體走私回台東時，在富岡漁港的貨船上遭海巡署查獲。這些山羌、白鼻心和梅花鹿已遭支解，慘不忍睹。

海巡署岸巡八一大隊在2月1日接獲報案指出，貨輪「龍春號」進入富岡漁港時，船上有一輛疑似載有保育類動物屍體的吉普車。八一大隊昨天中午會同台東查緝隊、第十五海巡隊上船搜查，果然發現動物屍體。

但這些被盜獵的山羌、白鼻心與梅花鹿都已遭剝皮處理或支解，其中重達21公斤的梅花鹿是保育類動物，牠是綠島極具代表性的明星物種，遊客要一睹牠的風采，還得摸黑到野外尋覓。海巡人員3日以這種方式見到牠的真面目，都忍不住搖頭。

2007年12月21日起，綠島居民在燈塔到公館沿岸約3公里的海域，不時撿到被海浪拍打上岸的魚屍，多是珊瑚礁生態群落的底棲魚類。近日，10公里外柚子湖一帶海邊也出現類似情況，此一前所未見的異常情形，引發當地居民揣測。

綠島鄉長陳嘉文表示，目前除了告知鄉民不要撿食這些魚，已請求漁業署和環保署協助檢驗，了解是否為漁場環境改變所導致。

中研院生物多樣性研究中心研究員鄭明修表示，受理檢體魚屍的屏東東港水試所初步排除電魚、炸魚的可能性。至於中毒原因，需另送其他單位檢驗，目前仍有魚屍持續被沖上岸，推測應是慢性中毒。各種跡證顯示，最可能是走私者突然遭遇臨檢，為逃避刑責而把毒品丟包，毒品包裝破裂，導致海生物中毒。