因為仍有鮭魚迴游，西雅圖非常重視河川保育，在工業與家庭污水排放已經獲得控管的今天，對河川生態影響最大的就是都市徑流，都市徑流透過下水道排放到河流中，不但改變河流水文，其中所含的污染物也嚴重衝擊水棲生物，是河川污染的頭號問題。

為了減輕都市徑流對河川水文和水質造成的負擔，近幾年來，西雅圖開始嘗試另一種不同的排水工法：與其將各地的雨水徑流用地下管道收集起來一起排放，不如在地讓雨水入滲，既可減輕下水道系統的負擔，又可兼顧到水質的問題。

儘管2006年春天美國麻薩諸塞州因不尋常降雨而產生大流量的逕流，查理斯河下游水質似乎未受太大影響，甚至從環保署的評比中獲得B+的亮眼成績。環保署依據2006年查理斯河中帶菌量的檢測結果，評定出這個前所未有的佳績，讓下游再次成為划船與游泳等休憩的好去處。然而，大量的營養物質隨著雨水逕流注入河中，成為潛藏在查理斯河的另一項隱憂。