國道六號行經草屯、國姓、埔里三鄉鎮的工地，已完工的埔里段眉溪風災有兩處大破堤，高架橋旁的農田淹水廣達2、300公頃；雖然淹水與國六有無相關仍待釐清，但是地方民眾抱怨，國六施工以後，橋墩多少會影響排洪。

國工局南投工務所主任卓高端表示，涂枝田所指的比他家還要高的臨時土堆，會要求承包商儘速移除，橋下便道在工程告一段落將植生綠美化，不會留下裸坡；國道六號立在溪床的橋墩絕對不會影響水流釀災，部分國六工程結束後，周邊農水路復舊收尾的工作，委託鄉鎮公所就近辦理，就是希望做得更符合居民的需求，絕對沒有推托卸責。

號稱第3代高速公路的國道6號南投支線，嘗試不少新的施工方法，特色都是廢物再利用，兼具環保及施工的需要。例如：利用水庫淤泥提煉作為「輕質混凝土」的原料，利用煉鋼副產品爐灰，作為流動性高的「自充填」混凝土，提升墩柱的強度，就連路面鋪設的瀝青，也採用透水性高的材料，讓路面不會積水導致車輛打滑，兼具環保與施工需求。

國工局表示：國道6號南投支線採用的新工法，集中在材料的改良上。南投支線是第一個全線運用所謂「自充填式」混凝土的國道路段，「自充填混凝土」本身擁有相當好的流動性，可自行充滿，不需要額外的施工，以煉鋼的副產品：爐石粉，替代水泥，不但不會影響強度，還可以大幅減少施工的時間。