南科特定區是國內史上考古遺址，分布密度最高、文化層序最為完整、挖掘面積最大的地區，目前已發現的遺址數即高達60處，其中便有13個座落在樹谷園區。由於奇美集團大本營位於南科，所以集團斥資捐助7,800萬元成立考古中心，首創全國第一個NGO的考古組織，另外再捐出5,000萬元，在文建會的輔導下成立公益信託基金，該設立主要在確保考古文化資產得以永續維護，並贊助其它考古文化資產維護計劃的執行；這是台灣考古研究第一次透過民間基金會的力量所成立的「民間考古中心」。該公益信託於昨6月3日簽約，並召開第1次諮詢委員會，奇美集團除了金錢的捐助外，更將實際投入人力，進行考古的挖掘與研究，為台灣企業界對「文化資產守護」的支持，更往前邁進，立下別開生面的里程碑。

台灣環保署環境影響評估委員會19日召開委員會議，有條件通過台南縣政府開發的南科樹谷園區開發環評案。台南縣政府評估，總開發面積達247公頃的樹谷園區開發後，將吸引面板、光電材料及元件相關產業進駐，預料可創造1萬個就業機會，營運後年產值將逾新台幣3000億元。

環評專案小組日前審查時，要求台南縣政府承諾樹谷園區用水不得影響農民用水權益；空污物未達承諾抵減值時，應採減產等措施因應等條件後，決議「有條件通過」樹谷園區開發環評案。

環評大會上午開會審查全案時，除採專案小組建議外，還具體要求南科管理局應儘速對園區員工及周邊居民進行健康風險評估，並訂長期監測計畫。

環保署22日召開環境影響評估委員會議，討論台南科學園區樹谷園區開發計畫變更案環評，多位環評委員認為樹谷園區雖然違法施工在先，且有使雲嘉南地區空氣、水質污染加劇，增加區域淹水可能性，但並非全然不應開發，決議另組專案小組，再起爐灶詳細審查。

為表示對全案重視，開發商台南縣政府22日由縣長蘇煥智領軍到環評大會陳述意見。蘇煥智說，在改善樹谷園區的空污、廢水方面，台南縣政府透過多方面努力，其他產業的空污減量已有具體成績，未來樹谷園區投產後增加的空污量，不會使空氣品質更加惡化；另外將增設安順寮淨水廠處理廢水；樹谷園區的防洪設施估算可耐受一百年頻率洪水。但他承認，樹谷園區未經環評就動工，願接受環保署處分。