祁連山生態環境面臨著巨大的壓力。隨著全球氣溫和人類活動的加劇，祁連山出現了嚴重的雪線上移，冰川退縮，草原退化，林木減少等現象。祁連山西段西北坡170多條冰川中，95％的冰川都在以每年平均4.9公尺的速度退縮。

如何加強祁連山生態環境保護？學者建議建成立生態保護補償機制。祁連山高海拔區氣候嚴寒，前山區乾旱少雨，自然條件惡劣，造林成活率低，封山育林期限長。根據統計，祁連山保護區森林覆蓋率每提高１個百分點，就需要增加森林面積2.7萬公頃，需要資金巨大。建議國家盡快建立生態保護補償機制，加大對生態資源管理保護資金投入。