2月18日中研院「環境與能源研究小組」針對地球暖化議題，提出對於新政府的能源政策建言，但各方焦點似只集中在李遠哲先生的核能立場，以印證民進黨的廢核政策不當、拖垮台灣經濟等。民進黨總統參選人謝長廷先生則模糊指出：「民進黨的主張是說不要蓋新的電廠，核四不是新的，所以要不要反核，還可討論」，而國民黨總選參人馬英九先生亦表示「不但要續建，且要速建」。以上種種，使得民間力量長期累積促成的「非核家園」共識，將更被束之高閣，也讓人憂心反核議題及能源政策難以回歸理性討論。

降低溫室氣體排放已成為全球趨勢，而台灣的二氧化碳總排放量占世界1％，排第21名，人均排放量也高居第18名。中央研究院發佈新聞稿表示，2012年之前台灣產業將面臨國際貿易制裁的風險。

因此，中研院環境與能源研究小組提出幾項對於能源政策的主張，包括落實能源價格合理化及課徵碳稅、取消高耗能產業的補貼、能源市場自由化等等。其中，關於備受爭議的核能議題，中研院則建議核四應照原訂計畫完工運轉，並以核一、二、三廠延役作為替代方案，考慮在既有核電廠加裝新核能機組。