在這一次的石門水庫整治計畫中, 所要達成的目的主要有兩個：其一為降低颱洪時水庫的濁度，以免影響供水。其次則是減少淤積以延長水庫壽命。在降低濁度方面，過去數十年來上游集水區一直在進行保育整治，但正如1996年賀伯颱風以來所顯示的狀況，只要遇到極大雨量，濁度還是會上升。因此在這次整治中，對於濁度問題的處理方針主要以水庫上層取水和下層排砂來解決。