根據美國國家海洋漁業局（National Marine Fisheries Service）科學家20日所公佈的官方調查，國家洪水保險計畫（National Flood Insurance Program）違反了瀕危物種法案的規定，為華盛頓州普吉灣（Puget Sound）的虎鯨與數種鮭魚帶來滅絕威脅。

國家洪水保險計畫是由聯邦急難管理局（FEMA）設立。普吉灣周圍城市與郡縣若不遵從漁業局的要求進行調整，就會失去加入聯邦洪險的資格。華盛頓州目前共有252個行政轄區參與洪險計畫，包括39個郡縣，超過200個城鎮，以及兩個部落保留區。

漁業局是受2004年聯邦法院裁決委託，公布這份名為「生態觀點」的調查。西雅圖聯邦法院的奇利（Zilly）法官發現，FEMA洪險計畫鼓勵開發氾濫平原（floodplains），在瀕危物種法案中列為受威脅的鮭魚因此遭到危害。

美國參議院環境與公共事務委員會（Senate Environment and Public Works Committee）9月24日舉辦一場聽證會，檢視布希政府在公共衛生及環境事務上的執政紀錄，但是這場聽證會中該委員會副主席（Ranking Member）奧克拉荷馬州共和黨參議員殷霍夫（James Inhofe）並未出席，他是委員會的前主席。

參議員殷霍夫並非生病或是出遠門，而是蓄意抵制這場聽證會，並且安排兩位政府單位見證人表達他的抗議。結果，這兩位見證人都沒參加聽證會，也沒有任何一位共和黨委員參與此會。

布希政府5月14日勉強地發表聲明將北極熊列為生存受到威脅的物種，並表示北極海的冰層融失已經對這種標竿物種的未來造成危害。但是布希政府也採取行動來確保這項決策將不需要增加遏止全球暖化的新作為，也不會對北極熊棲地的石油及天然氣發展增加新的限制。

這項聲明終止了一個3年的法律爭議，這項爭議主要訴求是北極熊棲地在全球暖化衝擊下，北極熊是否應該列為「瀕危物種法案（Endangered Species Act）」中的生存受威脅物種。三個環保團體首先在2005年提出此項北極熊列冊保護的請願書。

保育團體12月19日對舊金山聯邦法庭遞交一個訴訟案，試圖推翻美國漁業暨野生動物局減少加州紅腿蛙棲地保護區域的決策。

這種蛙類曾經被馬克吐溫故事裡戲劇化地形容為「 加州卡拉維拉斯郡著名的跳蛙」。它是加州原生蛙類，曾發現它分佈在加州中部海岸至內華達山脈丘地之間。

美國眾議院民主黨團7月31日舉行了一場耗時很長的聽證會，來蒐集布希政府官員不當干預幾項影響瀕危物種決策的證據，但是這些民主黨員並未找到這些具爭議決策與副總統錢尼（Dick Cheney）有關的證物。這些不當決策造成美國有史以來魚類死亡數量最高的事件。

美國第9巡迴上訴庭法官於4月9日駁回布希政府為哥倫比亞河（Columbia River）與蛇河下游（Lower Snake River）水壩工程提出的鮭魚保育計畫。上訴法庭維持先前法庭的宣判結果，認定該計畫因未遵守「瀕危物種法案」而違法。

湯馬士（Thomas）法官在判決書中寫到：「瀕危物種法案不該被選擇性遵守。」並裁定，「主管機關不可忽略自身遵守瀕危物種法案的職責…反而有明確責任以符合瀕危物種法案的要求為優先考量。」