台灣沿岸濕地原本十分發達，但目前的濕地狀況不論是保護區、重要野鳥棲地或漁業資源保育區都面臨不同程度的生態功能不足或污染及開發的威脅。破壞的情況包括污染、鹽化、淹水等；濕地消失的壓力則來自各式工業、商業（港埠、垃圾掩埋埸、電廠、焚化爐等）的開發利用及海岸侵蝕等。此外，我國在加入世界貿易組織（WTO）的衝擊下，原有海岸之養殖漁業、農業生產規模勢必縮小，漁塭、農地休耕面積勢必增加，而鹽業、糖業公司的民營化，昔日的鹽田、蔗田等用地勢將釋出，結構性失業問題將造成社會問題；釋出之鹽田、農地或有再淪為不當使用的可能。