彰化縣境內因灌溉與排水系統不分，管制污染又不力情況下，造成灌溉水資源污染嚴重，經農田水利會積極研議後，從去年開始首創推動「掛排」計畫，輔導廠商沿著灌溉系統，建構排放事業廢水管路，讓有毒廢水不要直接排入灌溉系統，來改善水質。

彰化縣境內不僅有高鐵全線最長的八卦山隧道，出了山洞口之後高架的鐵道更橫跨整個南彰化平原，約有數百公頃的農地，被高架的工程所切割，因為高鐵主結構工程沒有融入原有相當暢通的水利灌溉系統與平面農路，造成灌溉水系嚴重被阻絕、運輸農路慘遭破壞、每逢豪大雨之後，廣大的農田就會變成汪洋一片，難以宣洩，經農民多次陳情，高鐵公司卻沒完全改善，經再度向縣議員洪麗娜陳情，在23日特別在縣議會提案，要求縣政府協助為農民請命，不要等農民前往高鐵站集結抗議，才要重視。

不少農民在灌溉系統遭高鐵阻斷後，紛紛自掏腰包鑿井灌溉，將導致南彰化地層下陷問題更加惡化，更波及農政單位要求地方封井搶救地層下陷的政策難以推行。高鐵公司則表示，只要農民陳情絕對會派員會勘處理，不會不聞不問。