2001年阿瑪斯號貨輪油污事件、2016年「德祥台北號」擱淺事故，都由於缺乏海洋資源基本資料，導致無從判定賠償金額。
僅存不到75隻的「台灣白海豚（Sousa chinensis taiwanensis）」仍面臨漁業行為（底拖網與流刺網）、填海造陸工程造成之棲地消失、空氣與水污染、出海口之淡水減少及水下噪音等威脅，束手無策。
環保團體舉這兩個案例，說明台灣海洋事務急需要成立二級政府機關，而海洋委員會組織章程通過三讀快兩年了，政府在海洋事務仍無作為，應更加快腳步。
世界海洋日前夕，由台灣環保聯盟、蠻野心足生態協會以及台灣環境資訊協會等多個保育團體召開記者會，要求蔡英文政府盡快依法成立國家海洋研究院、海洋委員會與海洋保育署，建立台灣海域之生態、環境與資源的詳細正確之科學資料，才能真正達到生態保育、永續發展與離岸風能開發的最佳效益。
立法院院會雖於2015年6月16日三讀通過「海洋委員會組織法」，明定行政院特設海洋委員會掌理海洋總體政策、環境保護規劃等，並設海巡署、海洋保育署為次級機關，執行巡防和保育事項。當時行政院長毛治國核定施行日期為2016年7月4日的海洋委員會，新政府上任後，由於立法院審查時，民進黨立委及黨內高層有不同意見，去（2016）年行政院長林全於6月30日當天廢止施行日期，使得海洋委員會的成立宣告中止。[1]、[2]
另一方面，以台灣海域保護及監測協會、台灣海龍王愛地球協會、彰化縣環境保護聯盟等多個民間團體則訴求：成立「海洋及漁業部」一步到位、成立「海洋永續基金」整合資源，支持姚文智、賴瑞隆、陳曼麗等16 位立法委員「行政院組織法第三條及第四條條文修正草案」提案，成立「海洋及漁業部」。
若以馬政府時期三讀通過的「海洋委員會」上路，未來要升格為「海洋及漁業部」，恐怕再等20年。民間團體也對現行《海洋委員會組織法》第七條，在編制員額1/2範圍內，由官階相當之警察、軍職人員及2000年隨業務移撥之關務人員擔任，將影響台灣發展「正常、專業」的海洋事務治理與海洋產業輔導。
環保團體表示，新世紀的海洋事務包羅萬象，包括龐雜的漁業管理，海洋治理已不能單純以橫向協調的「委員會」應付，而須從中央以縱向指揮的「部」模式統整事權，將保育、漁業、各種海運、港口管理整合、海洋休閒產業及海洋能發電等高度相關卻相互牽扯的業務，歸於一部，有效協調海洋空間與資源使用，共享海洋科學研究調查資料；確保國家對內最佳長程發展，對外積極爭取加入國際海洋行列。
修正案已於2016年底，獲得57位立委提案連署，並已交付立法院司法及法制委員會審查中。姚文智國會辦公室表示，目前修正草案已經過一讀，剛結束的這個會期，一直努力將此法案列入優先法案未果，臨時會也確定不會排入；人事總處也表示會加速處理，提出組織員額修正，預計9月預算審查會期能送進立法院審議。
姚文智辦公室表示，海洋部的成立將為台灣開展海洋戰略，著重在海洋資源養護及保育，並能代表台灣參與國際海洋事務、對外協調諸如漁業權等事務，並制定相關的法規，將海洋事務法制化。
保育團體也呼籲在政府海洋組織改造完成前，由農委會主責，整併各種漁業基金或財團法人，用於永續海洋管理；海洋組改後，由海洋及漁業部主責。海洋基金專款專用於海洋保育執法、海洋生態復育、海洋污染防治、海洋文化教育等等。
