隨著國家組織改造重要工程接近尾聲，又出現爭議。最近民進黨立法委員尤美女國會問政一席話「農林漁牧應不分家」，正中農委會下懷，不但傳出將林業試驗研究所保留原編制、原林務局拆出林業司以及森林暨自然保育署，今農委會主委陳保基、環保署署長沈世宏將會同行政院副院長江宜樺進行協商。此項傳聞，讓環保團體悻然，痛批組織改造未蒙其利先蒙其害，一旦林產脫離森林保育，將使得台灣森林沉淪。
林務局過去業務以林產經營為主，近年在保育意識抬頭下，業務重心逐步轉向生態保育與環境教育，政府組織改造也就順勢將「林務局」與「林業試驗所」編進環境資源部，成立「森林及自然保育署」及「森林及自然資源試驗所」，不料近日卻生變，林業試驗所可能留在原位，林務局也拆成「林業司」留在農委會，「森林及自然保育署」到環境資源部。環保團體擔心如此一來，台灣山林在缺乏完整國土考量的情況下，將從保育為主走回開發利用為主的老路。昨（15日）環保團體召開記者會，要求林務局與林試所留在環境資源部，反對農業部增設林業司。
蠻野心足生態協會秘書長林子淩批評，國有林未做完整考量下就分司，林業試驗所掌理福山植物園以及多個具有重要種原庫的場域，應在保育思維下經管；而一旦鼓勵農地造林更違反糧食安全原則。
環團也指出，農委會和林產學者一向主張造林的價值，但過往林務局所推動的「造林」作為，不論是「林相變更（1965~1977）」、「林相改良（1983~1989）」、「全民造林（1996~2004）」以及最新的「獎勵輔導造林辦法（2008至今）」，實際上可說都是「開山，砍大樹賣錢，種樹苗領補助」（砍大樹、種小樹）的惡性循環。
綠色陣線協會常務理事林長茂指出，水源涵養、高海拔生態，都在農業之名下失守，水土保持不良、高山農業、林地改編為農牧用地以及休閒產業，造成土壤流失、肥料被沖入水庫中；石門水庫每年編列預算整治，還是有因藻類大量增加的藻華現象，即為一例；他點名副總統吳敦義家鄉的南投，國有林41林班地，森林變成高山茶園，林務局卻放任無作為，「林務局繼續留在農業部，台灣環境沒救了。」
「山林水土不分家！」立委田秋堇說，環境資源部設立是環保團體爭取多年的結果，也是這次組改中最沒有爭議、朝野社會有共識的案子，如今卻出現變數。
立委林淑芬也表示，以前經濟開發思維已被保育思維取代，業務才會整合到環資部，現行編制下，即發生國有林被計算入BOT廠商的折抵面積中；國有山坡地也不斷配合個案開發解編。經建會的資料也顯示，民眾種植檳榔，1公頃賺得7萬3千元，社會要付出35萬元代價；阿里山道路旁種植山葵、高山茶，每賺得1元，環境代價高達37~44元，繼續留在農委會，不利於社會永續。
環團擔心，基於過去的前車之鑑，如果把保育面向的林務局放在環資部，牽涉巨額利益的林業試驗所割讓到農業部，未來可能會發生凡牽涉到生態保育、吃力不討好的麻煩事，通通推給環資部，可以創造肥油的業務，則留在農業部手中，責任別人扛，好處自己享，產業無法保育化，保育也無法產業化。
對於部份學者指出，「台灣木材需求自給率只有0.22%，碳足跡的帳很難看。進口木材可能還有1/3是盜伐，更非環境正義。」環團認為，造成此一現象的罪魁禍首，是農委會過去數十年的人工林策略缺乏競爭力。環團指出，如今造林不是綠金，更像是造災。
環保署與農委會官員都表示會支持政院版本。環保署綜計處長葉俊宏表示，現在的討論並沒有反對森林及自然保育署，而環資部保育方面還有國家公園署，至少已經將保育業務統合在同一部門下。
不過也有學者表示，環保署缺乏自然保育的養成背景，再加上幾個重大開發案的表現，升格為環境資源部不會突然變得有保育概念，林務局主掌的生態保育業務，放到環境資源部未必比較好。
