因應2012年行政院部會組織再造，環保署經召開3次專家學者諮詢會議、18次署內研商會議及6次相關部會研商會議，於今（21）日公佈環境資源部組織架構（草案），規劃成立7司、6處、6個三級行政機關及3個三級機構。
目前環境保護、水利、礦業、地質、國家公園、森林保育、氣象、水土保持及生態保育等事務，分屬不同部會主政，未來藉由環境資源部成立，可整合分散在各部會的水、土、林及空氣等資源管理與保護，藉環境規劃及管理，加強環境資源保護，維持生態環境平衡。
環保署以水資源為例說明，目前水資源事權的管理設計中；水質保護歸行政院環保署管理、下水道由營建署管理、集水區治理由行政院農委會管理、水量由經濟部水利署管理。但水污染防治與水資源利用實為一體之兩面，兼籌並顧才能發揮最大互補效益，而成立環境資源部有助於事權統一，使水資源發展與環境保護間得以相輔涵育。
未來環境資源部人員將由環保署原984人增加為14600人以上（含自來水公司），堪稱大部。
※6個三級行政機關：
污染防治局：環境監督總隊、環境檢驗所、營建署污水下水道業務。
氣象局：原氣象局。
水利署：原水利署。
水土保持及地質礦產組：經濟部中央地質調查所、經濟部礦物局、水土保持局（不含農村再生）
森林及自然保育署：原農委會林務局。
國家公園署：原營建署國家公園組。
其中，氣象局、營建署國家公園組、林務局位階提升至3級機關。
※3個三級機構，未來「行政法人法」立法通過，屬行政法人機構。包括：
環境教育及訓練所：原環境人員訓練所。
森林及自然資源試驗所：原農委會林試所。
生物多樣性研究所：原農委會特有生物研究保育中心。
※7司掌理政策規劃：
綜合規劃司：管考、綜合計畫處（環評審查）。
氣候變遷司：含溫室氣體辦公室、永續發展室。
大氣環境司：含環境監測及資訊處、空氣品質保護及噪音管制處。
水及流域司：含水質保護處及原營建署污水下水道政策。
資源經管司：含廢棄物管理處、資源回收基金。
污染管制司：廢棄物許可相關。
災害防治司：災害應變，如土石流、地震、颱風、毒化災等。
