2016年10月才剛大修，台電核三廠一號機24日上午6時25分因冷卻水泵跳脫，造成機組急停。台電表示，反應爐內的冷卻水泵是用加壓冷卻水源，以強迫循環方式，協助帶走爐心運轉產生的熱量，發生跳脫的是一號機內三台冷卻水泵中的C台，是前次大修剛換過的設備。
聯合報報導，核三廠副廠長高起說，一號機有三台冷卻水泵，其中一台兩個多月前所安裝新馬達的比特器（電路保護裝置）偵側到馬達異常，立即自動安全停機，檢修卻發現比特器的接線鬆脫斷開，送出假的異常訊號，造成停機。
自由時報報導，台電核發處長簡福添表示，經查後確認原因為冷卻器三個馬達其中之一的接線廠商沒接好，導致接線在高溫下斷落。簡福添說，上次大修時此部分設備有更換，直接由原廠交貨並會同驗證師共同確認，這次問題屬廠商接線沒接好，因此已根據合約要求廠商負起保固責任並索賠。
大修後的一號機C台水泵故障，另二台水泵沒修卻沒事。屏東縣監督核安委員、核工博士賀立維說，「核三廠是否要檢討大修的品質？」
他並指出，冷卻水泵的目的是冷卻爐心，此次核三廠一號機C台水泵故障，尚有兩台可以維持冷卻功能，但如果像福島那樣的天災，一次使所有冷卻水泵都故障，就會發生爐心熔毀的情形，後果嚴重。
屏東縣監督核安委員、地球公民基金會主任蔡卉荀也質疑，既然大修期間是照既定程序沒有異常，是否既定程序有問題？她要求台電應把冷卻水泵故障原因，主動向屏東縣政府說明，實際拿出水泵維護紀錄，讓大家知道到底是怎麼維修的，而非只是發布「維修程序正常沒有問題」等模糊用語。
此外，蔡卉荀表示，事故發生後，原能會駐台電廠區人員應主動提供廠內外輻射監測數據，應公布比一般監測更詳細的監測地點和明確數據，做好對民眾的資訊公開。
台電表示，查明異常原因後，待完成檢修工作，經行政院原子能委員會審查同意，機組會進行後續啟動。
