在人類到達臺灣之前就已在臺灣生長的植物，稱為自生種或原生植物（native
species）；而被人類從臺灣境外攜入種子或其他繁殖體，並成功地在臺灣繁衍其後代的生物種類，稱之為引進種。臺灣所有的人都是來自外地，移民時或移民之後，常自先前的居住地引入生活所需的植物種類。不同的移民類型，不同的政治架構，不同的統治階層，形成不同的引種類型。
史前時期
1624年以前的移民，主要是南島民族，移入的植物以原生或長久栽培的中南半島植物為主。這個時期缺乏文字記載，所有引種植物的年代都無法考證。只能根據明清以後的紀錄及原住民生活習慣的獨特性，去推測植物引進的大概時期。明朝人陳第在1603年所寫的〈東番記〉，是臺灣最早的相關文獻。這時期的植物以食用作物為大宗，包括玉米、芋、稻、小米、番薯等澱粉類主食；也有胡麻、大豆、花生等油料兼糧食作物；另有薤、薑等蔬菜。〈東番記〉也提到當時原住民所種的甘蔗，可見甘蔗引進臺灣的時間很久遠。芋、薑、稻、小米、檳榔等作物可能直接引自原住民原居住的中南半島。玉米、花生、番薯原產於美洲，推測是從原西班牙的殖民地菲律賓引入，再輾轉進入臺灣。而薤、大豆、甘蔗、苧麻等經濟作物，由先住民直接或間接引自中國。
荷蘭時期
荷蘭時期（1624∼1661年）雖然只有短短的37年，但卻是臺灣植物文獻最早開始的時期。荷蘭人據臺有其經濟目的，是一種有規劃的活動。因此，來臺之初，就從其殖民地爪哇大量引進與民生相關的植物種類。與據臺時期同時，荷蘭人的經濟活動涵蓋臺灣以南的菲律賓群島、印尼等各主要島嶼，引進臺灣的植物亦與菲律賓有關。菲律賓當時還是西班牙的殖民地，中南美洲植物陸續進入該地，也很快的傳入爪哇。荷蘭人引入臺灣的植物之中，有許多原產中南美洲的種類，如釋迦（番荔枝）、銀合歡、含羞草、仙人掌等，推測都是西班牙人先引進菲律賓，再由荷蘭人帶進爪哇、臺灣。
荷蘭人引進，目前仍生長良好、到處分布的植物大概只有三、四十種。但有些種類卻對臺灣的生態系產生鉅大的影響，例如馬纓丹和銀合歡。前者為引自中南美洲的觀賞植物，到現在還是普遍使用。銀合歡則產自中美洲及墨西哥，栽種作為燃材和牲畜飼料。兩者都不擇土、繁衍速度快，且具有毒他作用，已在海岸、低海拔地區為害原生植物，並在許多生育地形成純植物群落。
綜合言之，荷蘭時期的引種植物多是原在印尼爪哇大量栽植的經濟作物，其中約有一半是食用植物，一半是觀賞植物。在引自印尼的植物中，大部分均非原產印尼，除美洲之外，尚有產自印度者。此期的經濟植物代表是蓮霧、檬果（芒果）、釋迦、番石榴，其中只有蓮霧原產印尼。這些植物後來都成為臺灣主要的商品化果樹，對臺灣經濟貢獻很大。豌豆、甘藍、懷香等蔬菜則原產歐洲，也是引入印尼後再引進臺灣。觀賞植物中的雞蛋花、綠珊瑚、櫻桃番茄等，也是此期引進。櫻桃番茄（小果番茄）原產於南美洲，荷蘭人引種供觀果用，臺灣人卻作為食品，現已野生化。
明鄭時期
明鄭時期（1661∼1683年），一共23年，大部分植物由鄭軍部隊自福建引進。此期海禁甚嚴，對外交通僅餘廈門與府城（臺南）之間的海運，與外國的交流極端困難。所引進植物多屬原產中國，而在華南地區（特別是福建省）廣為栽植的經濟植物，包括食用植物，如水果類之桃、李、梅，蔬菜類之葱、蒜、韭，及觀花植物之月季、朱槿、荷等。如屬原產外國的植物，則全部都是引進中國之後，在華南地區普遍分布者，如番木瓜、白玉蘭、美人蕉等。
在這個時期並無直接由國外引進的植物。經統計本期重要的引進植物中，仍舊以原產中國的植物佔大多數。這些引進植物，都是與民生攸關的食用及觀賞植物為主。木本花木以白玉蘭、含笑花、鷹爪花、樹蘭；草本花卉則以雞冠花、鳳仙花、晚香玉等，為此期的引種代表植物。桑樹亦於此期引進，供養蠶生產絲織品。
清領時期
本期（1683∼1895年）期間最長，共212年，引進植物的種類亦多。本期海禁亦嚴，但對外交通路線比明鄭時期複雜，進出口據點比明鄭時期多。除少數外國傳教士進入臺灣，引進少數植物外，與外國的交流極稀少。此時期引進臺灣的植物種類，亦以原產中國的經濟植物為主，其中又以食用作物為大宗，佔三分之二以上，觀賞的花木次之。果樹中的楊桃、文旦柚、荔枝、龍眼等，先後從華南地區引進，成為臺灣市場上主要的水果種類。觀賞花卉中，桂花、仙丹花、水仙花、射干等，先後隨移民引入。
造林樹種杉木及孟宗竹等亦於此期引進。多數原產中國的經濟植物幾乎都在此期移入，目前在臺灣仍廣為栽培，少數原產外國的植物，如胡瓜、南瓜、匏仔、茄、楊桃等，在引進臺灣之前，已在華南地區栽培很長的歷史。
直接由外國引進臺灣的植物僅九重葛、變葉木等，係傳教士馬偕自英國引進。麵包樹原產中南半島及太平洋群島，推測係由蘭嶼達悟族於此期自菲律賓引入。
日治時期
本期雖只有短短的50年（1896∼1945年）卻是臺灣歷史之中引進植物種類最多的時代。日本原是溫帶國家，明治維新之後勵精圖治，政治、經濟及科學技術均有傲世的成就，並於第二次世界大戰期間進入世界先進國家之林。擁有臺灣這個位處熱帶和亞熱帶的領土之後，日人不但潛心於臺灣植物的研究，且大量引進世界各地的熱帶及亞熱帶經濟植物。
日本人所引進的植物類別複雜，包括蔬菜、糧食、水果、飲料等食用作物；觀花、觀葉、庭園樹等觀賞用植物；行道樹或造林用之經濟樹種；也有綠肥、油料、纖維植物，其中以觀賞植物為大宗。引進地區包含世界各大洲之熱帶及亞熱帶地區，植物原產地有歐洲之北歐、南歐（地中海）、蘇俄；亞洲之日本、印度、馬來西亞、小亞細亞；北美之美國、墨西哥，中美洲及南美之智利、巴西、哥倫比亞；非洲之依索匹亞、南非、馬達加斯加；澳洲大陸等，幾乎囊括全世界各地的熱帶、亞熱帶區域。臺灣現有的外來植物大部分是日治時期引進的。
本期引進之植物中，最值得注意的是棕櫚科植物。本科植物主產熱帶，日人據有臺灣之後，即大量引進棕櫚類植物，如今遍布全臺的黃椰子、蒲葵、酒瓶椰子、棍棒椰子、大王椰子、羅比親王海棗等，都是本期引進且大量推廣種植，至今仍盛行栽植的種類。使臺灣各地都種有椰子類，形成日本人統治臺灣的標誌。此外，多數都會區的行道樹，如南洋杉類、紫檀類、木麻黃、第倫桃、掌葉蘋婆、福木等，都是本期所引進者。主要造林樹種在本期引進試種後，在臺灣大量造林，如柳杉、油桐、桉樹類、桃花心木等。南洋杉、木麻黃改變了平地及海岸景觀，而柳杉取代檜木林帶生態系，形成1000至2000公尺山區主要的森林景色。
有些植物引進之後，因適應性強、繁殖力高，族群無限擴張而成為入侵種。高海拔地區的毛地黃、法國菊，中海拔地區的百香果，海岸地區的天人菊、瓊麻，河川、湖泊的布袋蓮等，都是這個時期引進後來逸出的入侵植物種類。這些植物形成臺灣生態系的殺手，改變了主要生態系的組成。
國民政府時期
國民政府自1945年接收臺灣，前期努力發展經濟並厚植武力，一心一意想打回大陸取回大陸政權，對臺灣實施高壓的統治手段。此時期被稱為戒嚴時期（1945∼1995年），時間也是50年，和日本統治時間相當。此期亦引進不少植物，唯比起日本時代之規模和系統差距很大。引種國家及地區包括美國、紐澳、日本、中南美等，但絕無共產國家。由於兩岸敵對的政治情勢，除國民政府撤退初期，直接自中國引進少數如香椿等植物外，絕少引進原產中國的植物。
此時期引進的植物類別以觀賞植物居多，包括許多觀花植物及園景樹。政府機關、學校、公園大量栽植龍柏，龍柏成了中國式庭園植栽的代表樹種。近年來，由於苗商的推波助瀾，加上國人生態常識的缺乏、官商不正常的關係，使得黑板樹、小葉欖仁等樹種迅速侵入臺灣的每個角落，成為行道樹、公園樹、校園景觀樹的超優勢植物。這個時期大量在眷村栽植的香椿，其獨特的風味後來也傳布開來，改變了臺灣人的飲食習慣，和許多來自內地的料理一樣，形成臺灣豐富文化的部分。
1950、1960年代引進的蒺藜草、毛西番蓮、美洲含羞草，在短短的四、五十年間，在臺灣四處漫延開來，衝擊各地生態系。1966年以後引種非洲鳳仙花、假藿香薊作為觀賞花卉，也在不同的生育地擴張、搶佔地盤。
