新店溪流域近年頻傳大量魚群暴斃事件，根據環保署全國環境水質監測資訊網數據，新店溪秀朗橋、中正橋段的河川溶氧量，從2011年迄今逐年下降，更一度觸及中度污染水質標準；水利局副局長宋德仁表示，枯水期時無法維持水域，就容易致溶氧量下降，但新店溪水質絕對沒有問題，未來也會持續改善河川生態與溶氧問題。
2014年9月中旬，新店溪爆發近萬條豆仔魚、烏仔魚集體暴斃，陳屍溪面，成為繼2006年20萬條魚集體曝屍淡水河後，該流域最嚴重魚群暴斃事件。
臺灣自然科技學會理事長張聖賢指出，新店溪每年都會有2、3次大量魚群暴斃，政府砸大錢在沿岸做觀光工程，卻對缺氧死亡的魚群毫無辦法。張聖賢建議，可透過整治浚深、調整礫石、定期清除河川有機底泥，讓上游水庫配合「生態基流量」標準放水，進而改善水質問題。