文山區尚未全面完成污水接管，因此污水直接排放新店溪，導致河川污染程度達「中度污染」，為此，北市府工務局衛工處陸續推動接管，並編列1億3000餘萬預算辦理「新店溪淨化處理工程」，今年底完成規劃設計，預計明年6月發包，2018年完工；屆時，可降低7成污染物，大幅改善新店溪水質。
衛工處設計科長盧師琁指出，1986年時，新店溪河川污染程度達「嚴重污染」，僅56種魚類可生存，歷經多年努力，文山區污水接管率達65%，新店溪魚類增加為117種。
不過，礙於文山區尚未全面接管，部分污水直接排放新店溪，經河川水質監測顯示，河川污染程度仍達「中度污染｣。對此，盧師琁表示，明年編列1億3695萬元預算辦理「新店溪景美雨水抽水站排水淨化處理工程」。
此外，盧師琁說，台北市污水接管率約74％，其中文山區接管率約65％；預計2032年後可全面完成污水接管。